Nel 1829 fonda l'"Indicatore Livornese", su cui scriverà anche Mazzini e che sarà anche "la prima tribuna di un effettivo approfondimento dei problemi di uno sviluppo della città, nei suoi rapporti col commercio internazionale e con quello interno" (Badaloni). È chiamato a far parte dell'Accademia labronica su istanza del suo amico Giuseppe Vivoli, di Giuseppe Doveri e di Francesco Pistolesi. Vari soci dell'Accademia però, partecipi e portavoce dell'ostilità nutrita dagli ambienti conservatori cittadini contro l'"Indicatore" per le sue inclinazioni democraticheggianti e il suo progressismo in campo economico-commerciale, attaccheranno a più riprese il periodico contribuendo alla sua soppressione da parte del governo, avvenuta nel febbraio 1830. Per questo in marzo Guerrazzi rassegna le dimissioni dall'Accademia, non prima però di avervi pronunciato quell'elogio al generale napoleonico livornese Cosimo Del Fante che gli procurerà, per la visione politica democratica pur ambiguamente espressavi, un provvedimento di confino a Montepulciano.
Riceve qui una visita di Giuseppe Mazzini, grazie a cui l'"Orazione per Cosimo Damiano Del Fante - soldato italiano" sarà pubblicata, all'inizio del 1832, su "La Giovane Italia". Durante il confino Guerrazzi comincia la stesura de "L'Assedio di Firenze".
I legami con Mazzini (rafforzati dopo il rientro a Livorno nel febbraio del '31, anche sull'onda della delusione per il misero fallimento d'un progetto d'insurrezione malamente ideato da Guglielmo Libri) condussero Guerrazzi ad affiliarsi alla Giovane Italia analogamente a Carlo Bini, Enrico Mayer e Pietro Bastogi, e ad assumervi una posizione di rilievo almeno finché, di nuovo arrestato, fu rinchiuso nella Fortezza Vecchia livornese e ci restò da fine agosto a fine settembre 1832, per poi essere arrestato un'altra volta l'anno dopo e relegato, come altri fra cui lo stesso Bini e Vincenzo Salvagnoli, nel Forte Stella di Portoferraio (settembre-dicembre '33). Qui portò a termine l'"Assedio di Firenze", che avrebbe pubblicato poi a Parigi nel 1836, in un primo tempo sotto lo pseudonimo "Anselmo Gualandi", e stese anche quelle "Note autobiografiche" che sarebbero uscite postume nel 1899.
Scarcerato e tornato a Livorno, Guerrazzi si allontana dal mazzinianesimo, dalle cospirazioni e da ogni rischio politico, dedicandosi invece a un'intensa attività professionale come avvocato e soprattutto come procuratore, così da ovviare alle crescenti difficoltà economiche, che oltre tutto aumenteranno per via della morte per colera, nel 1835, del fratello Giovanni Gualberto (il quale lasciò orfani due bambini, Francesco Michele e Giuseppa, che Guerrazzi adotterà come figli), e poi di quella del padre Francesco Donato nel 1838.
Così, d'altronde, in lui cresce tanto più insopprimibile l'insofferenza originaria per la professione avvocatizia, e parimenti il proposito di fare del lavoro di romanziere (ma anche di giornalista e traduttore) la propria vera e definitiva fonte di reddito. È importante in questo senso anche l'incontro nel '35 con Dumas, "vero mercadante di letteratura" che gli permette di conoscere "la realtà economica e sociale in cui operavano gli scrittori francesi" (Toschi).
Il periodo che corre dal '34 al '47 è in sostanza una parentesi privata e letteraria, dominata dalle preoccupazioni familiari, dallo scrivere e dalle relazioni e contrattazioni con gli editori. Guerrazzi pubblica vari racconti e romanzi fra cui "La duchessa di S. Giuliano" nel 1839 (ampliato poi e ripubblicato nel '45 col titolo di "Veronica Cybo") e "Isabella Orsini" (1844); ed è nell'enfasi patriottica e "neoghibellina" delle opere letterarie che durante questi anni si esaurisce tutto il suo impegno politico. Del 1847 è un volume di "Scritti" contenente fra le altre cose "La Serpicina" e il racconto "I nuovi tartufi", nel quale Guerrazzi infierisce contro l'ipocrisia dei moderati.
Ed è appunto nel 1847, quando Livorno accentua i suoi tratti peculiari e anomali rispetto alla rimanente Toscana, configurandosi in maniera di giorno in giorno più netta come il teatro precipuo della radicalizzazione in senso sociale delle agitazioni per le riforme, che Guerrazzi torna alla lotta politica: al centro, anzi, d'una lotta dai molti connotati inediti. A cominciare dall'autunno di quell'anno il "partito democratico" è sempre più di frequente chiamato "guerrazziano", e l'assunzione di questo ruolo direttivo di Guerrazzi si ha soprattutto con l'uscita del suo opuscolo "Al Principe e al Popolo", contenente da un lato la richiesta al governo centrale di riforme in senso costituzionale-rappresentativo, peraltro assai prudenti ("una forma qualunque chiamata come meglio torna al Sommo Imperatore, o voglia rappresentanza di Consiglieri Municipali, o Conferenza di Notabili, o Senato, o Consulta di Stato, o Giunta o nome altro qualunque nuovo o vecchio dove uomini eletti e pagati dalle città cooperino col potere attuale alla formazione della Legge"), dall'altro una forte critica nei confronti dell'organizzazione data in quei giorni alla neoistituita Guardia civica, preclusa ai ceti popolari e concepita dai moderati come pura e semplice "forza di repressione".
In sostanza Guerrazzi tenta, mantenendo come referente primario la piccola e media borghesia artigiana e commerciale, di convogliare anche le energie proletarie livornesi (che intanto sono scese sul terreno degli scioperi e delle proteste organizzate per le cattive condizioni di lavoro) in senso socialmente borghese e politicamente nazionale. Al contempo cerca il contatto coi moderati fiorentini e in particolare con Capponi, al quale confida il proprio disappunto per il fatto d'essere riguardato dal governo granducale (alla fine di settembre rimpastato con l'ingresso dei 'liberali' Cosimo Ridolfi agli Interni e Luigi Serristori agli Esteri e Guerra) come pericoloso nemico dell'ordine.
Ma la repressione dei tumulti che ebbero luogo nella città portuale fra il dicembre '47 e l'inizio del nuovo anno assunse il valore, la funzione e le sembianze di una sconfitta dei democratici e di Guerrazzi stesso, fatto arrestare e incarcerato per volere di Ridolfi. Il 22 marzo, tuttavia, quando per un verso lo statuto ormai in vigore, l'insurrezione di Milano per un altro ebbero completamente mutato il quadro politico generale, Guerrazzi fu liberato, cosicché le posizioni che aveva assunto fino alla crisi di gennaio gli tornarono a vantaggio, almeno nel contesto locale, guadagnandogli un accresciuto favore fra la piccola borghesia e in parte del proletariato livornese. Simpatia che nuovamente egli si sforza di irreggimentare nell'alveo borghese e nazionale. Strumento di questo programma diventa il "Corriere Livornese", che aveva cominciato a uscire nel giugno '47 senza però assumere un'identità politica precisa, mentre ora, a partire dall'aprile 1848 diventa l'organo guerrazziano. Il periodico, se per un verso si connota in senso fortemente democratico-populista grazie alla collaborazione di personaggi come Giovan Battista Cioni Fortuna e Giovanni La Cecilia, per l'altro accantona, per volontà e voce di Guerrazzi medesimo, ogni repubblicanesimo e formula un programma monarchico federativo pronunciandosi decisamente a favore di Carlo Alberto. Contemporaneamente sferra attacchi feroci al governo di Cempini e Ridolfi (ufficialmente il secondo diventa primo ministro solo il 4 giugno), accusato d'inettitudine sul versante politico-nazionale e di condotta illiberale all'interno. L'appoggio di Guerrazzi e del "Corriere" a Carlo Alberto cessa con l'armistizio Salasco del 9 agosto 1848, a cui segue in Toscana la caduta di Ridolfi e la sua sostituzione con Gino Capponi. Inviato intanto dal collegio di Rosignano al Consiglio generale, camera elettiva istituita dallo statuto di febbraio (a suffragio assai ristretto, e perciò aspramente criticata dai guerrazziani), Guerrazzi si conferma anche di fronte al nuovo governo moderato come capo riconosciuto dell'opposizione, e persegue con rafforzata decisione la sua linea democratico-borghese sul versante economico-sociale e opportunista su quello istituzionale, così da non mettere in discussione il trono granducale ma allo stesso tempo non alienarsi irrimediabilmente le simpatie repubblicane.
Guerrazzi si trova così ad avere un ruolo cruciale al momento dei nuovi, violenti tumulti livornesi dell'agosto-settembre 1848, quando il ministero Capponi, dopo una serie di fallimentari tentativi di repressione, si risolve a inviare come nuovo governatore nella città portuale Giuseppe Montanelli, da poco tornato in Toscana dopo essere stato dato per morto sui campi lombardi. Quest'incarico pone le premesse dell'alleanza fra Montanelli e Guerrazzi e della caduta il 12 ottobre del governo Capponi, incapace di far fronte al dilagare nei maggiori centri della Toscana delle manifestazioni popolari antigovernative, spianando così la strada al formarsi, a fine mese, della prima compagine ministeriale democratica, guidata da Montanelli e con Guerrazzi stesso agli Interni. D'altra parte, il nuovo governo è indebolito per un verso dalla sostanziale contrarietà di Guerrazzi, che ribadisce gradualmente il suo sostanziale filoalbertismo, al programma montanelliano della Costituente italiana; per l'altro dalle crescenti difficoltà del ministro dell'Interno a contenere il radicalismo popolare, che cresce non solo a Livorno, dove va delineandosi persino una vera e propria sinistra antiguerrazziana, ma in varia misura anche fuori dalla città portuale. Gli eventi precipitano nel febbraio 1849, con la fuga del granduca Leopoldo II, la virtuale fine della monarchia, la formazione del triumvirato rivoluzionario Guerrazzi-Montanelli-Mazzoni, e poi con le ripercussioni a fine marzo della disfatta piemontese di Novara. Guerrazzi si vede allora riconosciuti, dalla neoeletta (a suffragio maschile pressoché universale) Costituente italiana, i pieni poteri come dittatore. Lo scontro coi moderati si fa di giorno in giorno più aspro, i disordini aumentano, e i moderati medesimi, dopo essere riusciti col colpo di stato del 12 aprile a riprendere in mano la situazione, richiamano il granduca, per il momento rifugiato a Gaeta, e spianano di fatto la strada a quell'occupazione austriaca che avevano affermato di voler scongiurare e a cui si dovrà, l'11 maggio, la sanguinosa repressione della resistenza livornese.
Guerrazzi, intanto, è stato arrestato. Rimarrà in carcere fino al 1853, quando, concluso il processo intentatogli per lesa maestà con una condanna a quindici anni, essa viene subito commutata nell'esilio, che egli subirà recandosi in Corsica. Fuggirà dall'isola nel 1856, per stabilirsi a Genova fino al 1862, quando farà ritorno in Toscana.
Nel 1853 aveva pubblicato "Il marchese di Santa Prassede o la vendetta paterna", racconto scritto in carcere, e "Beatrice Cenci", che aveva già cominciato a scrivere negli anni '40. Seguirono nel 1857 "l'Asino", satira della vita forense che riprendeva e ampliava i temi della "Serpicina", i racconti "La torre di Nonza" e "Pasquale Sottocorno" e la "fantasia" "Fides", nel 1858 la "Storia di un moscone", di argomento corso al pari della citata "Torre di Nonza" e del successivo (ma anch'esso scritto in gran parte durante l'esilio) "Pasquale Paoli ossia la rotta di Pontenuovo". Fra gli scritti dei suoi ultimi anni occorre ricordare soprattutto gli autobiografici "Il buco nel muro" (1862) e "Il secolo che muore" (postumo, 1885).
Nemico implacabile dell'"empia setta dei moderati" e innanzi tutto di Cavour, Guerrazzi fu eletto deputato nelle file della Sinistra nel 1860, partecipò alle vicende interne del vario e composito associazionismo democratico e operaio-artigiano italiano, e fu rieletto alla Camera per tutte e tre le successive legislature, per poi ritirarsi dal 1870 a vita privata, nella villa della "Cinquantina" a Cecina. Morirà il 23 settembre 1873.