Gli organi dell'associazione sono: l'assemblea dei soci, il consiglio direttivo nazionale, la giunta nazionale, il presidente, il segretario generale, il collegio dei revisori dei conti, il collegio dei probiviri.
Tra i compiti del consiglio direttivo nazionale vi è la costituzione delle sezioni locali e dei consigli regionali.
I consigli regionali assolvono, nell'ambito del territorio di competenza, funzioni di rappresentanza dell'Associazione presso la Regione e gli organismi regionali, anche mediante accordi, convenzioni, forme di collaborazione con enti pubblici o privati e con persone fisiche; operano e coordinano ogni opportuno intervento e progetto, sollecitato dalle sezioni presso le pubbliche amministrazioni e presso i privati per contribuire alla tutela del patrimonio storico, artistico e naturale; promuovono manifestazioni d'interesse regionale; danno impulso alla costituzione di sezioni, esprimendo parere in merito, ed esprimendosi anche sul loro scioglimento; possono partecipare alle sedute degli organi delle sezioni con propri rappresentanti aventi diritto di parola e voto consultivo; collaborano con gli organi dell'Associazione in ogni altra iniziativa d'interesse regionale o sovraregionale, in particolare promuovendo lo studio da parte dei soci di tematiche relative alla pianificazione territoriale, urbana e paesistica in ambito regionale ed interregionale, nonché attuando la gestione di servizi. Gli organi regionali dell'Associazione sono: il consiglio regionale, i cui membri restano in carica 3 anni e sono rieleggibili, il presidente con uno o due vicepresidenti e la giunta regionale.
Le sezioni locali, costituite con deliberazione del consiglio direttivo nazionale, mantengono completa autonomia per quanto riguarda la gestione delle campagne condotte in difesa dell'ambiente e del patrimonio storico, artistico e naturale del territorio. Gli organi delle sezioni, che possono anche costituire gruppi sul territorio per formare presidi per attuare a livello locale gli scopi statutari dell’Associazione sotto il controllo del consiglio direttivo della sezione, sono: l'assemblea dei soci, il consiglio direttivo, il presidente. L'assemblea, costituita da tutti i soci, che, in regola con il pagamento delle quote sociali, godono dell'elettorato attivo e passivo, è convocata ogni volta che il consiglio direttivo lo ritenga opportuno e almeno una volta all'anno in sessione ordinaria per l'approvazione della gestione finanziaria, per esaminare ed approvare l'attività della sezione e discutere i programmi di azione futura e per eleggere il consiglio direttivo. Il consiglio direttivo, composto di almeno 5 soci eletti dall'assemblea fra i soci iscritti alla sezione stessa, è l'organo propulsore della sezione, della quale predispone e sviluppa l'attività, provvedendo a quanto occorra per il suo funzionamento, convocato dal presidente, mette a punto programmi annuali di attività che trasmette alla sede centrale, a cui viene trasmessa al termine di ogni anno, una relazione, approvata dall’assemblea, sull'attività della sezione. Il consiglio nomina nel proprio seno il presidente, almeno un vice presidente, il tesoriere ed il segretario della sezione. Il presidente rappresenta la sezione ed è membro del consiglio regionale dell'Associazione, il vice presidente sostituisce il presidente in caso di assenza o di impedimento, al segretario compete la tenuta del libro soci, la compilazione dei verbali, la verifica della esecuzione delle delibere, la cura della corrispondenza e della documentazione, mentre al tesoriere compete la redazione dei conti preventivo e consuntivo. Tutti i componenti del consiglio prestano la loro opera a titolo gratuito. E' incompatibile con la carica di consigliere l'assunzione di incarichi amministrativi pubblici in amministrazioni ed enti locali nel territorio di competenza della sezione. Una sezione può essere sciolta qualora si sia verificata in essa da oltre un anno la mancanza del numero di soci.