Il 'Reggimento' ogni anno, il 15 agosto, eleggeva, alla presenza del Capitano (poi detto Governatore), il nuovo governo che iniziava ad operare dal 1° settembre. Terminate le elezioni, il Governo provvedeva a nominare il Portolano, i Governatori o mastri della Cappella della Beatissima Vergine dell'Iconavetere, del Monte di Pietà, dell'Ospedale, e dell'Archivario comunale [Archivio di Stato di Foggia, Fondo della 'Dogana delle pecore', serie V, fascio n. 130, inc. n. 6027; cfr. Il Libro Rosso..., pp. 21-25].
La struttura amministrativa, divenuta quindi una oligarchia aristocratica, dalla seconda metà del XV secolo, sino al XVII, non subì mutamenti.
All'inizio del 1700, però, la pessima amministrazione perpetrata nei secoli da parte del 'Reggimento' fece sì che i cittadini ricorressero al consiglio Collaterale (organo presieduto dal Viceré con funzioni consultive e deliberative) affinché fossero revisionati i conti dell'Universitas. Controllata la contabilità emersero gravi illeciti commessi dai Reggimentari, tanto che furono prontamente rimossi dagli incarichi ricoperti [cfr. Il Libro Rosso..., p. 33]. A causa di ciò il Consiglio del collaterale approvò una riforma del governo dell' 'Universitas' di Foggia che ebbe come punto di maggiore innovazione la compilazione di una lista di soggetti idonei per il Decurionato, composta da sessanta persone scelte in ogni classe. Il Decurionato fu poi diviso in tre ordini o ceti [cfr. Il Libro Rosso..., p. 38].
Questo assetto amministrativo fu profondamente modificato nel 1806 quando una serie di provvedimenti legislativi - tra i quali risultò fondamentale la legge dell'8 agosto n. 132 - pose fine ai particolarismi peculiari delle 'universitates' dell'Italia meridionale riconducendo di fatto i governi cittadini ad una uniforme regolamentazione fortemente centralizzata.
Nel 1806 fu soppressa, con decreto del Regno di Napoli n. 75 del 21 maggio, la 'Regia Dogana delle pecore', istituita con privilegio di Alfonso I d'Aragona del 1° agosto 1447, di cui Foggia era da sempre stata la sede. Consisteva di una magistratura amministrativa e giurisdizionale che curava la gestione del demanio fiscale del 'Tavoliere di Puglia' e regolava la transumanza del Regno di Napoli.
Il Comune di Foggia, con la «legge sulla divisione ed amministrazione del regno» dell'8 agosto 1806 n. 132, risultò compreso nella provincia di 'Capitanata e Contado di Molise', avente Foggia per capitale di provincia e capoluogo di distretto.
Il 27 settembre dello stesso anno ai sensi della legge n. 189, la provincia di 'Capitanata' venne distinta dal 'Contado di Molise' ma ciò non comportò variazioni per Foggia che conservò il ruolo di capitale della provincia di 'Capitanata' e capoluogo di distretto.
Nella nuova organizzazione amministrativa e territoriale disposta con la «legge portante la circoscrizione amministrativa delle provincie del regno di Napoli», n. 360 dell'1 maggio 1816, Foggia permaneva capitale di provincia e capoluogo di distretto addivenendo altresì capoluogo di circondario.
Relativamente alla amministrazione provinciale l'art. 1 del Titolo II della legge n. 132 già citata disponeva che «in ogni provincia vi [fosse] un magistrato incaricato dell'amministrazione civile, e finanziera, e dell'alta polizia, che [avesse] il nome d'Intendente, e vi [fosse] inoltre un Consiglio d'intendenza, ed un Consiglio provinciale». Foggia, in quanto capitale di provincia, divenne sede d'Intendenza. Diversamente dagli organi amministrativi provinciali, che avevano sede in Foggia, le magistrature giudiziarie della provincia di 'Capitanata' furono istituite in Lucera.
I dati relativi alla demografia, dal 1861, possono così essere sintetizzati (elaborazione dati Istat, 1985): anno 1861: abitanti 31.562; a. 1871: ab. 36.837; a. 1881: ab. 40.648; a. 1901: ab. 53.134; a. 1911: ab. 75.648; a. 1921: ab. 66.772; a. 1931: ab. 55.763; a. 1936: ab. 62.340; a. 1951: ab. 97.504; a. 1961: ab. 118.608; a. 1971: ab. 141.711; a. 1981: ab. 156.467; a. 1991: ab. 156.268; a. 2001: ab. 155.203.
Prima dell'Unità d'Italia le informazioni possono essere desunte dagli «stati annuali generali della popolazione redatti a cura degli intendenti delle province continentali del Regno delle Due Sicilie» che attestano 20.630 abitanti nel 1815, 22.629 nel 1821, 23.281 nel 1830, 24.499 nel 1852 [cfr. G. DA MOLIN, Lo sviluppo demografico di Foggia dal XVI al XIX secolo, in Storia di Foggia in età moderna, a cura di S. Russo, Bari, Dedalo, 1992, pp. 151-153].