Nel 1416 il borgo fu sottomesso a Braccio da Montone, mentre si datano tra il 1443 e il 1444 le angherie subite dal Ciarpellone, ex luogotenete del Piccinino, che si istallò a Paciano, dopo aver devastato il vicino Piegaro.
Tra il 1461 e il 1473 la Comunità di Paciano si impegnò a restaurare le mura del castello e a realizzare il torrione, come risulta dagli annali decemvirali.
La storia di Paciano per tutto il XV e XVI secolo si intreccia con quella delle famiglie Baglioni e degli Oddi, acerrime nemiche. Così, quando nel 1489 i Baglioni presero possesso di Perugia, gli Oddi e i loro seguaci, cacciati dalla città, si rifugiarono a Paciano, che abbandonarono solo dopo l'intervento del legato pontificio, che riconsegnò Paciano a Perugia ed alla Chiesa.
Nel 1672 papa Clemente X, con un "motu proprio" emesso a favore del colonnello Giovan Battista Della Staffa, riconobbe e dichiarò Paciano contea. Il titolo nobiliare e il territorio furono ereditati dalla famiglia Conestabile, ma la contea fu abolita successivamente dal papa Gregorio XVI, insieme ad altre contee, marchesati e ducati.
Il 12 febbraio 1798 Paciano passò sotto il governo della Repubblica romana. Fu nominato commissario Giacinto Venturelli, perugino, che abitava a Paciano come affittuario dei beni della famiglia Danzetta. Il 13 febbraio 1798 fu innalzato l'albero della libertà e il 17 marzo fu istituita la guardia civica, al comando del suddetto Venturelli.
Il 1° ottobre 1799 la Deputazione repubblicana fu sciolta e fu ricostituito il Governo pontificio, nuovamente abolito tra il 1908 e il 1914, a seguito della campagna napoleonica.
Con la seconda restaurazione del Governo pontificio, Paciano, nel 1816, divenne comune autonomo, dopo essere stato appodiato al Comune di Panicale.
Nel 1860 anche Paciano scelse di passare sotto il Regno di Sardegna, poi Regno d'Italia.
Successivamente il Comune ebbe sorti analoghe a quelle degli altri comuni italiani. Furono applicate le riforme amministrative del nuovo Stato postunitario e i mutamenti istituzionali provocati dal regime fascista, con l'abolizione del sistema elettivo della rappresentanza locale e la presenza di un podestà di nomina regia, che assommava in sé le funzioni esercitate dagli organi amministrativi di origine elettiva e quelle di sindaco, in qualità di ufficiale di governo.
Caduto il regime fascista, il regio decreto 4 aprile 1944 n. 111 ripristinò la figura del sindaco e la giunta municipale di nomina prefettizia, fino alla convocazione delle elezioni per la ricostituzione delle amministrazioni locali seguite al decreto legislativo luogotenenziale del 7 gennaio 1946 n. 1.