Rimase comunque alle dipendenze dello Stato pontificio per tutto il periodo dell'antico regime, nonostante i ripetuti tentativi di Todi di ricomprenderla nel proprio territorio.
Monte Castello fu sede di governatore a partire dall'inizio del secolo XVI.
E' del 22 marzo 1516 uno statuto comunale, pubblicato in un volume a stampa nel 1999 dalla Soprintendenza archivistica per l'Umbria.
Nel secolo XVII, come molte altre comunità, mantenne le proprie magistrature, anche se ormai esautorate di ogni potere politico, detenuto proprio dai governatori, e detentrici solamente di funzioni amministrative.
La Comunità aveva tre consigli: il consiglio generale, rappresentativo di tutto il corpo dell'università; il consiglio pubblico, composto di quaranta membri che duravano in carica tre anni; il consiglio piccolo, formato da venti uomini eletti ogni sei mesi.
Erano presenti il segretario, che teneva la segreteria comunale, rogava i documenti relativi alla Comunità ed era anche segretario e cancelliere del governatore; il depositario, che riscuoteva tutti i crediti e pagava i debiti; il procuratore fiscale che rappresentava la Comunità nelle controversie giudiziarie; l'agente della Comunità, responsabile della cura degli affari presso la Congregazione del buon governo.
Le cariche erano attribuite localmente, ma dovevano essere nominate o ratificate dal potere centrale; anche il podestà era designato dal consiglio pubblico ogni sei mesi, ma veniva poi nominato dalla Sacra consulta.
Il podestà aveva competenze in materia giudiziaria ma, sulla base della documentazione pervenuta, esercitava anche le funzioni di luogotenente del governatore pontificio, molto spesso un cardinale che non risiedeva a Monte Castello.
Alla fine del secolo XVIII, con il nuovo ordinamento introdotto dalla prima Repubblica romana, Monte Castello entrò a far parte del Dipartimento del Trasimeno. Le magistrature comunali pontificie vennero soppresse e l'amministrazione della Comunità venne affidata ad un edile.
La Mairie di Monte Castello si costituì, invece, a seguito dell'entrata in vigore dell'ordinamento dell'Impero francese, seguito all'occupazione degli stati romani a partire dal 1809. Nella riorganizzazione amministrativa, Monte Castello entrò a far parte del Cantone di Marsciano, nel Circondario di Todi. Il maire amministrava la comunità coadiuvato da una giunta municipale; egli era tenuto a presentare al prefetto del Dipartimento il bilancio preventivo e consuntivo della Mairie per l'approvazione.
Tale magistratura ebbe termine nel 1814, con la restaurazione del governo pontificio. Con la riorganizzazione amministrativa in delegazioni, Monte Castello fu compreso nella Delegazione di Perugia e posto nella Circoscrizione di Todi.
L'ammnistrazione locale si trasformò al mutare delle disposizioni emanate a riguardo dal potere centrale: Monte Castello ebbe le comunità appodiate di Dogli dal 1816 al 1860 e Collelungo, quest'ultima dal 1827 appodiata a Baschi. In seguito alle disposizioni del 1855, venne inserito tra i comuni di quarta classe e governato da un consiglio di sedici consiglieri e un deputato ecclesiastico, una magistratura formata da un priore e quattro anziani e un sindaco e due aggiunti preposti alla comuntià appodiata.
Nel 1860 Monte Castello entrò a far parte del Regno d' Italia.
Con r.d. del 29 marzo 1863, n. 1260, in virtù della deliberazione comunale datata 23 novembre 1862, si conferì al Comune una nuova denominazione, quella di Monte Castello di Vibio.
In seguito, come in ogni comuneitaliano, con legge del 22 marzo 1865, n. 2248 inerente l'"unificazione amministrativa del Regno d'Italia", passò dalle magistrature preunitarie alle nuove istituzioni amministrative con le relative competenze e organizzazioni.
Con l'avvento del fascismo vennero introdotte, anche a Monte Castello di Vibio, profonde modifiche nell'ordinamento comunale; così dal 27 febbraio 1926 al 1943 restò in vigore il governo podestarile, con podestà e commissari prefettizi che si alternarono nella carica.
Dal 9 ottobre 1943 fino al primo giugno 1944 si insediò il commissario prefettizio.
Il 16 giugno 1944 si costituì il Comitato provvisorio di reggenza comunale.
Dal verbale del 13 agosto 1944 si apprende che il sindaco Tiratelli radunò il primo Comitato di liberazione, sia per formare un comitato ristretto, sia per nominare i componenti della giunta municipale. In tale periodo vennero prese iniziative a favore della popolazione, come la distribuzione dei buoni di grano a 109 famiglie al prezzo di lire 166 al quintale e con l'obbligo di restituzione entro il 31 agosto 1944. Il Comitato di liberazione fu costituito da sei persone ognuna delle quali appartenente ad un partito antifascista.
Dal 1948 vennero restaurate le autonomie locali, reintegrando gli istituti elettivi: giunta, consiglio e sindaco.