Nel frattempo alla decadenza del monastero aveva corrisposto uno sviluppo del Castrum che si era costituito in Comune con un proprio statuto (citato nel 1510). Castel Sant'Elia fu incluso dunque nel neonato Ducato farnesiano di Castro, godendo di un felice periodo di sviluppo economico, demografico ed urbanistico. Nel 1649 tornò alla Camera Apostolica che da allora lo diede in enfiteusi a vari affittuari, l'ultimo dei quali fu in marchese Mezzani. Durante la Repubblica Romana il centro fu ascritto al dipartimento del Cimino, cantone di Civita Castellana (1798-1799), per passare poi al dipartimento di Roma, circondario di Viterbo, cantone di Civita Castellana (1810-1815). Con la restaurazione del potere pontificio e la riforma del 1816/1817 Castel Sant'Elia fu incluso provincia del Patrimonio, delegazione di Viterbo, governo di Civita Castellana; nel riparto territoriale del 1827 risulta comunità dipendente dalla podesteria di Nepi, governo di Civita Castellana, e in quello del 1831 torna nuovamente comune autonomo nell'ambito del governo di Civita Castellana. Con l'annessione nel Regno d'Italia, avvenuta nel 1870, Castel Sant'Elia fu compreso nella provincia di Roma sino al 1927, anno in cui passò alla neoistituita provincia di Viterbo