Il regolamento prevedeva che ogni anno venisse approvata una lista degli utenti in vigore dal l° gennaio. Organi dell'Università erano l'Assemblea degli utenti ("i capi di famiglia maggiorenni che abbiano residenza e dimora stabile nel Comune, senza distinzione tra originari e sopravvenuti"), il consiglio di amministrazione, il presidente. In assemblea non erano ammesse deleghe; l'elezione dei cinque consiglieri era fatta ogni quattro anni in agosto e le schede erano depositate in un'urna di vetro. Il consiglio eleggeva al suo interno il presidente, vero organo esecutivo dell'Ente con ampi poteri. I dipendenti erano un segretario, un messo-scrivano e quattro guardie campestri.
Nel maggio 1909 il consiglio dell'Università, su proposta del presidente, approvò il regolamento sull'uso dei beni. Esso prevedeva che gli utenti dell'Università pagassero una fida sul bestiame introdotto al pascolo nelle terre collettive e ne determinava livello e modalità di formazione dei ruoli; si stabilivano altresì regole per la raccolta della legna, dei frutti d'albero e per l'insediamento di lestre nelle zone a selva. Le lestre erano appezzamenti ricavati dal parziale dicioccamento del bosco e la conseguente utilizzazione del suolo a coltura cerealicola e erba di pascolo; sulla lestra viveva di norma una famiglia nella tipica capanna di paglia a cono.
A seguito della legge 16 giugno 1927, n. 1766 sul riordinamento degli usi civici si procedette da parte del Commissariato regionale a redarre piani di massima per la destinazione e l'utilizzazione di quei terreni che si riteneva non potessero essere valorizzati adeguatamente dagli Enti gestori. In particolare i terreni dovevano essere ripartiti fra due categorie, la A comprendente i terreni da conservare a bosco perché non suscettibili di trasformazione agraria e la B comprendente quelli da trasformarsi agrariamente e lottizzarsi agli utenti. Con ordinanza 7 aprile 1930 il commissario per la liquidazione degli usi civici del Lazio approvò il piano per i terreni dell'Università di Bassiano e, in considerazione del fatto che alcuni di essi ricadevano nei comprensori di bonifica per le cui opere l'Ente non era attrezzato, il ministro per l'agricoltura e le foreste Acerbo con d.m. 10 aprile 1930 stabilì che i terreni delle tenute Prati, Tufette e Piedinolfi erano da considerarsi di categoria A e sarebbero stati quindi trasferiti a una Gestione speciale con l'incarico di eseguire le "opere di bonifica, di sistemazione e trasformazione occorrenti per la costituzione di unità agrarie da distribuirsi ai cittadini" (appoderamento). L'incarico della Gestione venne affidato all'on. Natale Prampolini, in quel momento presidente del Consorzio di Bonifica Pontina, consorzio del quale l'Università faceva parte.
La perdita dei proventi derivanti dallo sfruttamento delle tenute Prati e Tufette, i cui terreni erano particolarmente ricchi, portò in breve tempo al dissesto finanziario dell'Ente. L'assemblea generale degli utenti del 5 ottobre 1930 deliberò lo scioglimento dell'Ente che, dopo il parere positivo del commissario agli usi civici del Lazio, venne decretato dal ministro Acerbo con d.m. 18 maggio 1931. Il decreto stabiliva che il Comune di Bassiano era "obbligato ad amministrare i beni di proprietà dell'Ente soppresso e a tutelare e a salvaguardare i diritti dei cittadini".
Con altro d.m. in data 16 dicembre 1932 Acerbo sostituì Prampolini con l'avv. Giovanni Pedicini cui venne affidato l'incarico della "Gestione speciale per la trasforma-zione delle terre d'uso civico" sia di Bassiano che di Cisterna (e in seguito anche di Sermoneta). A differenza della bassianese le altre due Università Agrarie non vennero però mai sciolte.
II piano di massima per la destinazione dei terreni dell'ex Agraria venne modificato con d.m. 9 dicembre 1933 con il quale anche i terreni della tenuta San Donato vennero assoggettati alla Gestione speciale. Di conseguenza restarono sotto l'amministrazione del Comune solo i terreni boscosi del cosiddetto Monte di Bassiano.
La Gestione speciale non ebbe un ufficio separato per Bassiano. Inizialmente fu situata a Casal dei Papi, in territorio di Sermoneta; nell'ottobre 1933 Pedicini deliberò di unificare i centri di coordinamento e trasferirli a Roma. Nel 1936 la Gestione si trasferì a Littoria.
Senza entrare qui nel merito dell'attività della Gestione (che portò alla bonifica e all'appoderamento dei terreni conferiti e la loro concessione in enfiteusi a 118 famiglie coloniche), occorre rilevare che nel maggio 1935 Pedicini deliberò di vendere all'Opera nazionale combattenti una parte dei terreni di San Donato per i quali non era previsto l'appoderamento e di permutarne un'altra parte, il tutto per procacciare i fondi necessari alla realizzazione delle finalità istituzionali. Nel settembre 1935 il Ministero di a-gricoltura e foreste approvò l'perazione relativa a 681 ettari di cui 139 in permuta.
Dopo la redazione e l'approvazione dei piani di bonifica, ne1 dicembre 1937 il ministero stabilì che dovesse essere il Comune di Bassiano "cui appartengono i terreni oggetto della vendita" a deliberare la vendita e stipulare il contratto. Cosa che il Podestà fece con diverse delibere fra il 1939 e il 1940, seguite però da contestazioni sulle indennità, il prezzo e altro; la vicenda, complessa dal punto di vista giuridico e politico poiché comportava la permanenza o meno di diritti sui beni, si concluse nel maggio 1942 con un regio decreto che, recependo una decisione del Collegio centrale arbitrale del 23 febbraio, impose il trasferimento dei terreni in proprietà dell'Onc. La transazione fu nel dopoguerra al centro di una dura battaglia dell'Amministrazione comunale che tentò di tornare in possesso dei beni sostenendo che essi erano stati illegittimamente venduti.
Nel 1942 l'Onc sembrò accentrare in sé l'amministrazione e la disponibilità di tutti terreni dell'Università. Nel giugno il Ministero di agricoltura e foreste decretò la sostituzione di Pedicini con l'Opera sulla base di forti pressioni del suo presidente Araldo Di Crollalanza che intendeva eliminare gli altri soggetti istituzionali che gestivano la colonizzazione. La convenzione tra Onc e Ministero, assolutamente vantaggiosa per la prima, prevedeva che l'Opera potesse avvalersi o disporre la vendita anche dei beni demaniali (cosiddetti di categoria A secondo la legge del giugno 1927 sugli usi civici) che erano rimasti in amministrazione al Comune. I1 prefetto di Littoria nominò il 27 giugno 1942 il direttore dell'ufficio Onc di Littoria, Giuseppe Giannotti "commissario prefettizio del Comune di Bassiano per il solo incarico di amministrare i beni della soppressa Università Agraria". I1 podestà Leopoldo Pietrosanti si oppose all'insediamento del commissario contestando che l'Onc potesse gestire anche beni di categoria A. Ciononostante il passaggio avvenne nell'agosto 1942.
Dopo la liberazione della zona, nel novembre 1944 il commissario straordinario dell'Onc espresse il desiderio di cessare dalla gestione dei beni dell'ex Agraria e nel gennaio 1945 il prefetto nominò Achille Salvagni "commissario prefettizio dell'Università Agraria"; ma solo con d.m. 14 luglio 1945 si arrivò alla revoca dell'Onc dall'incarico della Gestione e nell'agosto Salvagni si insediò.
Infine nel dicembre 1947 l'amministrazione dell'ex Università Agraria passò nuovamente al Comune.