Vennero effettuate delle modifiche alla struttura interna dell'Ospizio che permisero di separare gli uomini dalle donne e, soprattutto, di raggruppare in zone distinte le varie tipologie di malati.
Nonostante queste migliorie, i locali della Maddalena risultarono comunque inadeguati alle esigenze della moderna scienza medica. Iniziarono quindi le ricerche per una nuova sistemazione dei malati di mente: nel 1797 era stato soppresso il convento vallombrosano di S. Sepolcro e l'edificio era stato donato, con decreto napoleonico, all'Ospedale Maggiore di Bergamo.
Questo convento rispondeva ai requisiti richiesti: si trovava in fondo alla valle di Astino, in prossimità di una sorgente d'acqua, circondato da un vasto terreno in parte coltivato, in una posizione abbastanza vicina alla città ma, al tempo stesso, sufficientemente isolata.
Nel 1830 il Governo della Lombardia ordinò il trasferimento dei pazienti della Maddalena nel convento di Astino, trasferimento che avvenne nel novembre del 1832.
Secondo quanto dice Palazzini, accanto al Convento, che avrebbe dovuto ospitare i malati di condizione economica disagiata, si prevedeva la costruzione di un manicomio per i malati di condizione civile, concepito più come un luogo di riposo che non come un ospedale, con ampi giardini, spazi dedicati allo svago, arredi raffinati e, soprattutto, senza grate di contenimento, in modo da non far percepire ai pazienti la sensazione di reclusione.
Negli anni sessanta dell'Ottocento venne creata, sempre in prossimità del Manicomio di Astino, una colonia agricola dove venivano mandati i pazienti tranquilli, abili al lavoro.
Negli anni Ottanta dell'Ottocento anche il convento di Astino risultò inadeguato: gli spazi non erano sufficienti, la struttura non poteva essere ampliata e soprattutto non si poteva praticare una metodica suddivisione interna delle tipologie di malati.
Nel 1884 la Deputazione Provinciale iniziò le ricerche di un terreno che fosse sufficientemente ampio, senza fabbricati e almeno parzialmente coltivabile, situato in un'area salubre, che non distasse più di 2 km da Bergamo e che fosse nei pressi di una condotta d'acqua: la scelta ricadde su un terreno posto nella parte finale di via Borgo Palazzo. L'incarico di progettare il nuovo manicomio venne assegnato all'Ing. Elia Fornoni, al quale venne richiesto un insieme di edifici di capienza, funzionalità e struttura idonei ad ospitare un maggiore numero di malati rispetto al manicomio di Astino.
L'ingegnere venne affiancato, nella fase di progettazione, dallo psichiatra lucchese Dott. Scipione Marzocchi e realizzò una struttura a padiglioni, incentrata su un corpo principale e due laterali collegati tra loro tramite dei portici, circondati da edifici esterni immersi in ampi giardini.
I pazienti vi vennero trasferiti nel 1892 e vi rimasero, attraverso le trasformazioni e riorganizzazioni determinate dalla Legge Basaglia, fino al 1998, anno della definitiva chiusura.
Con l'emanazione della Legge 13 marzo 1978 n. 180 (Legge Basaglia) relativa ai trattamenti sanitari volontari ed obbligatori e la creazione del Servizio sanitario nazionale con legge del 23 dicembre 1978 n. 833, l'ospedale neuropsichiatrico passò in gestione dalla Provincia all'USSL 29 di Bergamo.
I pazienti che, secondo i nuovi criteri dettati dalla legislazione in materia, non necessitavano di un ricovero in una struttura psichiatrica vennero dimessi alle famiglie, passando sotto la supervisione dei Centri di Igiene Mentale (CIM) di competenza territoriale, o presso strutture esterne di carattere assistenziale (ospizi, case di riposo, istituti privati).
I pazienti che invece non potevano essere trasferiti in strutture esterne vennero "trasformati" in pazienti volontari - per giustificarne la permanenza all'interno della struttura psichiatrica - e affidati alle comunità che, nel frattempo, si venivano costituendo all'interno della struttura di via Borgo Palazzo, secondo le diverse patologie da cui erano affetti.
I passaggi di competenze avvenuti tra il 1978 e il 1998 sono molto complessi, a causa delle modifiche continue delle strutture sanitarie locali ed ai cambiamenti di denominazione da esse subiti. In sintesi, le strutture dell'ex ONP di Bergamo passate in gestione nel 1978 all'USSL 29 di Bergamo (poi USSL Ambito territoriale n. 12), vennero accorpate all'Ospedale Bolognini di Seriate (Bg) come Azienda 12 ed infine, nel 1998, assorbite dall'Azienda Ospedaliera Ospedali Riuniti di Bergamo.


Notizie tratte dalla nota di Giulia Todeschini, in "Ospedale neuropsichiatrico provinciale di Bergamo. Archivio cartelle cliniche (1814 - 1998). L'intervento di schedatura e riordino nell'ambito del Progetto 'Carte da legare' (gennaio 2005 - settembre 2007)"