Nel motu proprio di papa Pio VII del 6 luglio 1816 sull'organizzazione dell'amministrazione pubblica Bettona è classificata come comunità di residenza di governatore, appartenente al Governo distrettuale di Foligno della Delegazione di Perugia della Provincia dell'Umbria, con appodiate la Comunità di Collazzone e la Comunità di Colle Maggio.
Nel riparto territoriale dell'anno successivo Bettona è, invece, comune unito al Governatore di Bevagna, appartenente a sua volta al Distretto e Delegazione di Spoleto della Provincia dell'Umbria. I suoi appodiati sono: Campagna; Cerreto; Colle, Sala, Malandruge; Monte, Bandita, Romita; Torte.
Nel motu proprio sull'organizzazione dell'amministrazione pubblica di papa Leone XII del 1827 Bettona, con i suoi annessi, è una podesteria sottoposta al Governo, Distretto e Delegazione di Perugia.
Tale organizzazione amministrativa fu mantenuta fino all'Unità d'Italia, con la sola variazione della trasformazione della Delegazione di Perugia in Provincia.

Nel 1860 il commissario straordinario della Provincia dell'Umbria, Gioacchino Napoleone Pepoli, sciolse l'amministrazione pontificia e nominò una commissione municipale provvisoria che, come primo atto, convocò i comizi per il plebliscito regionale con il quale la cittadinanza avrebbe dovuto scegliere se far parte o meno della monarchia costituzionale di Vittorio Emanuele II. La vittoria dei "si" fu schiacciante.
Bettona entrò a far parte del nuovo Stato unitario nella Provincia dell'Umbria, Circondario di Perugia, Mandamento di Perugia settentrionale. Quando poi, con il regio decreto n. 1 del 2 gennaio 1927, la Provincia dell'Umbria fu soppressa e, contestualmente, furono sitituite la Provincia di Terni e la Provincia di Perugia, Bettona fu assegnata a quest'ultima.
Il Comune avviò la propria attività amministrativa, dando inizio, innanzitutto, ad un programma di opere pubbliche che portò alla costruzione di edifici scolastici, dell'ospedale, del cimitero, delle strade.
Dopo il primo conflitto mondiale, nel 1920, si tennero le prime elezioni amministrative a suffragio universale maschile che furono vinte dai liberali costituzionali. Fu eletto sindaco Giuseppe Castellini che, nel 1926, si dimise aprendo la strada alla gestione commissariale e successivamente a quella del podestà.
Soltanto dopo la fine del Fascismo e della seconda guerra mondiale, nel 1946, si tennero nuove elezioni comunali che videro la vittoria della coalizione socialcomunista e l'elezione a sindaco del socialista Umberto Balducci. I primi interventi dell'amministrazione si concentrarono sulla ricostruzione dell'edificio scolastico, dell'acquedotto e sul ripristino della viabilità, compromessa dalla distruzione dei ponti sui fiumi Chiascio e Topino. Il Comune aumentò la sua popolazione e, negli anni Cinquanta e Sessanta, vennero istituiti l'ufficio postale e la Cassa rurale ed artigiana. L'espansione demografica fece accrescere l'importanza delle frazioni, in particolare quella di Passaggio di Bettona.