Con decreto del 17 marzo 1783 il granduca costituì a Isola del Giglio una delle 18 comunità in cui era stata suddivisa la Provincia Inferiore Senese. La Comunità era sottoposta all'Ingegnere di Circondario e all'Ufficio del registro di Orbetello, ed alla Conservatoria delle Ipoteche e al Tribunale di Prima Istanza di Grosseto.
Gli statuti e le leggi comunali nonché tutte le magistrature locali di epoca precedente vennero di fatto aboliti. Il governo della nuova comunità, eletto per sorteggio fra i possidenti locali, era costituito dal Magistrato composto da un Gonfaloniere e da alcuni priori ed in carica per un anno. Il Magistrato, affiancato da un consigliere per ciascun popolo della comunità, andava a formare il Consiglio Generale. Il vecchio sistema fiscale venne riformato e razionalizzato: tutte le imposizioni vennero abolite ed al loro posto venne istituita la "tassa di redenzione". Si trattava di un'unica tassa annuale fissa assegnata a ciascuna da versarsi in tre rate alla Cassa della Camera delle Comunità. Se non fosse riuscita a pagare la tassa di redenzione, la comunità era autorizzata a distribuire un'imposta sui possidenti, chiamata "dazio". Di tutte le questioni finanziarie si occupava un camarlingo o depositario, estratto dalle borse approntate per il magistrato ed in carica da uno ad un massimo di tre anni consecutivi. Un altro importante ufficio, da porsi all'incanto, era quello di "provveditore di strade e fabbriche" di durata triennale. La Comunità venne soppressa nel 1808 con l'annessione della Toscana all'Impero francese.
Dopo lo scioglimento del regno di Etruria, la Toscana era stata annessa direttamente all'impero francese. Il suo territorio venne suddiviso in tre dipartimenti (prefetture dell'Arno, dell'Ombrone e del Mediterraneo), a loro volta ripartiti in circondari di sottoprefettura. Ogni circondario era composto da circoscrizioni minori, i cantoni. Con decreto del 22 agosto 1808 la Giunta di Toscana fissò una nuova struttura amministrativa territoriale, basata su ambiti territoriali comunali, chiamati mairies, diretti e rappresentati da un maire.
Il maire veniva eletto direttamente per decreto imperiale nei comuni con oltre 5000 abitanti e per decisione del prefetto in tutti gli altri. Coadiuvato da alcuni "aggiunti", impersonava un potere governativo dai caratteri marcatamente accentrati ed autoritari, svolgendo un ampio ventaglio di funzioni politiche, finanziarie ed amministrative che andavano dal controllo delle entrate comunali all'iniziativa dei lavori pubblici, dalle registrazioni dello stato civile alle operazioni di arruolamento comunale. Ad esso era sottoposto un Consiglio comunale, che si riuniva una volta all'anno, il 15 maggio, per un periodo non superiore ai quindici giorni, soprattutto per discutere il rendiconto finanziario.
Nonostante le mairies fossero state soppresse il 17 giugno 1814, le istituzioni comunitative precedenti l'occupazione francese ripresero a funzionare solo nel settembre del 1816. Gli uffici restaurati trassero comunque esperienza dalla passata amministrazione, sia riguardo all'accentramento del governo comunitativo, che in materia di previsione finanziaria. All'interno del Magistrato si verificò infatti un forte rafforzamento del potere del Gonfaloniere, nominato da sovrano all'interno di una rosa di nomi scrutinati, su consiglio del Soprintendente della Camera di Sovrintendenza Comunitativa, e in carica per tre anni. Al Gonfaloniere vennero attribuite funzioni di controllo su di un ampio ventaglio di affari comunitativi, che andavano dall'amministrazione del fisco, dall'ordine pubblico all'assetto del territorio. Al Magistrato spettavano l'elezione del camarlingo, in carica per tre anni, e l'approvazione del bilancio di previsione e dei conti consuntivi. Il Consiglio, in carica per un anno, si riuniva di regola una sola volta, nel mese di settembre, assieme al Magistrato per eleggere i deputati incaricati della ripartizione della tassa di famiglia e gli impiegati della comunità e per deliberare sull'eventuale apertura di nuove strade.
Un nuovo regolamento comunale fu emanato nel 1849, successivamente alla fuga a Gaeta del Granduca e all'instaurazione di un governo provvisorio. Tale regolamento introduceva nella legislazione comunale elementi maggiormente progressisti: era previsto che i componenti del Consiglio generale fossero eletti dai maggiori contribuenti della Comunità: i Consiglieri, a loro volta, avrebbero poi eletto i membri del Magistrato comunitativo, con la proporzione di un priore ogni quattro consiglieri. I cambiamenti non riguardarono, tuttavia, soltanto i criteri di selezione degli incaricati della gestione della cosa pubblica. Anche le competenze degli organi furono radicalmente trasformate: rovesciando la precedente gerarchia fra i due organi, al Magistrato veniva ora affidata la sola esecuzione delle deliberazioni del Consiglio generale, al quale erano riconosciute maggiori competenze rispetto al regolamento del 1816. Il ritorno del Granduca avrebbe portato, nel 1853, alla soppressione di questo regolamento, sostituito con un nuovo corpo normativo molto più restrittivo, che ben rifletteva il clima della seconda restaurazione conosciuta dal Granducato di Toscana. Soltanto nel 1859, dopo la definitiva fuga del Granduca, il nuovo governo provvisorio avrebbe emanato un nuovo regolamento, molto simile a quello del 1849, destinato a restare in vigore fino all'elaborazione delle leggi amministrative del Regno d'Italia nel 1865, fra cui figurava la prima legge comunale e provinciale dello Stato unitario del 20 marzo 1865 che soppresse definitivamente le comunità.