Nel XVII secolo Collescipoli divenne sede di Soprintendenza e nel 1652 perse il diritto di eleggere il proprio governatore o podestà, privilegio che aveva acquistato nel 1561 da Pio IV.
Alla fine del Settecento, con il Governo francese, l'amministrazione comunale subì forti cambiamenti. Collescipoli entrò a far parte del Dipartimento del Clitunno e vennero eletti, tra i centotrentuno capifamiglia che dovevano decidere sulla creazione di una nuova municipalità, il "cittadino presidente", quattro "municipalisti", il segretario municipale e altre cariche e, con acclamazione, si decretò l'adozione del sistema dell'"invitta nazione francese".
Caduto il governo francese, nel febbraio del 1800, secondo i registri delle deliberazioni comunali, a Collescipoli erano già presenti il governatore e i reggenti provisori dello Stato Pontificio, che provvidero ad abrogare tutte le leggi e ordinanaze e ad allontanare dai pubblici uffici gli uomini più compromessi.
Nel 1809, con la nuova occupazione francese, Collescipoli fu assegnata al Circondario di Rieti e venne governata dal maire o cittadino edile Pietro Serloreti. Nel maggio 1814 il delegato apostolico di Spoleto portò la restaurazione pontificia.
Collescipoli venne dapprima appodiata a Stroncone, poi, in seguito ad un ricorso, a Terni: la nuova appodiatura, che durò dal 1818 al 1860, pose la cittadina in migliore condizione, in quanto il gonfalone, di fatto, divenne il sindaco del paese mentre il vicegovernatore inviato dalla Delegazione apostolica di Spoleto si limitava ad un mero controllo legale. Nel 1825 venne soppressa la carica di vicegovernatore e i consigli iniziarono ad essere presieduti da un sostituto nominato di volta in volta dal governatore. Nel 1827 venne nominato un podestà, eletto dal delegato apostolico su proposta della Comunità e con l'approvazione del cardinale della Sacra Consulta. Dal 1839 alcune sedute consiliari vennero presiedute dal governatore distrettuale, per disposizione della Delegazione.
Poco si sa, per scarsità di documentazione, sul periodo della Repubblica romana, che durò a Collescipoli dal febbraio al luglio del 1849 e anche sull'avventura garibaldina, a cui parteciparono molti abitanti. Caduta la Repubblica, si susseguirono delle commissioni provvisorie municipali variamente denominate fino al marzo 1852, quando si insediarono i nuovi consiglieri, designati dal delegato apostolico della Provincia, con lettere di nomina pontificia. Si nominarono, poi, il priore e quattro anziani.

In seguito al plebiscito di adesione al Regno d'Italia del 4 novembre 1860, il Comune acquisì una nuova fisionomia amministrativa: il sindaco, di nomina regia, era il capo della magistratura, costituita dai consiglieri, dalla giunta e dalle diverse commissioni e deputazioni "ad acta". Il prefetto dell'Umbria espletava invece l'attività di controllo. In luogo del vecchio cancelliere o segretario comunitativo, venne posto il segretario comunale, che doveva sovrintendere alla trattazione degli affari, ma poteva servire più comuni dello stesso circondario.
Dal 1888 al 1895 si ebbero un sindaco e due assessori, il più anziano dei quali faceva le veci di sindaco in caso di assenza o vacanza. Il consiglio era composto da quindici membri che venivano sostituiti nella misura di un quinto alla decadenza dei titolari. La giunta, invece, si rinnovava ordinariamente per la metà e, riunendosi almeno due volte all'anno, curava la scelta dei membri delle deputazioni, la nomina dei salariati, l'appalto di grandi lavori, l'esecuzione delle delibere consiliari, l'approvazione dei bilanci, la ratifica degli atti del consiglio, le riunioni delle commissioni edilizie e sanitarie. Nel 1907 il sindaco divenne elettivo nei comuni con più di 10000 abitanti, ma rimase di nomina regia in quelli più piccoli come Collescipoli. Dal 1914, per l'aumento della popolazione, il consiglio locale passò a venti membri e gli assessori divennero quattro.
Il regio decreto n. 2839 del 30 dicembre 1923 suddivise i comuni italiani in cinque classi: Collescipoli, con meno di 10000 abitanti, venne assegnato alla quinta classe. Fu anche sottoposto alla legge n. 237 del 4 febbraio 1926 che dispose che nei comuni con meno di 5000 abitanti fosse posto un podestà di nomina regia.
Qualche mese più tardi, con il regio decreto n. 1 del 2 gennaio 1927 che istituì la Provincia di Terni, il Comune di Collescipoli, insieme a Cesi, Collestatte, Papigno, Piediluco e Torre Orsina, venne soppresso.
Collescipoli divenne frazione, poi delegazione amministrativa ed oggi circoscrizione del Comune di Terni.