Bosco, come si è detto, venne eretto in feudo per volontà di Filippo II con la concessione del titolo di conte al fratello Michele, che poi gliene fece dono. Dopo un periodo di soggiorno in Spagna dove si era rifugiato a causa di suoi cattivi comportamenti, morì a Roma. Dal suo matrimonio con Adamante Peruzzi, ebbe 5 figli di cui due maschi: Ludovico e Antonio Pio.
Il fratello Michele (1541-1598) ascese al ruolo di cardinale - prete del titolo di S. Maria sopra Minerva - noto come il Cardinale Alessandrin, il 6 marzo 1566 sotto la protezione del prozio, Pio V (salito al soglio pontificio il 7 gennaio 1566) nei confronti del quale mantenne una posizione subordinata. Si segnalano la sua attività nelle varie congregazioni cardinalizie e quella diplomatica, anche se il suo ruolo nella diplomazia pontificia si mantenne secondario soprattutto per il peso che ebbe in materia il segretario personale del papa, Rusticucci. L'unico affare in cui ebbe una posizione preminente fu in occasione della concessione del titolo granducale a Cosimo I.
Inoltre grazie alle sue raccomandazioni la posizione della famiglia Bonelli presso il Duca di Savoia si venne rafforzando. Infine, particolare oggetto delle cure del Cardinale Alessandrino, specie negli ultimi anni, fu l'Ordine Domenicano che fu rafforzato nei suoi privilegi.
In ogni caso, tutta la famiglia Bonelli godette di vari privilegi grazie all'
atteggiamento sostanzialmente filospagnolo del Cardinale. Così, ad esempio, il fratello minore Michele (1551-1604), dopo aver svolto una brillante carriera al servizio pontificio (1570: capitano generale dello Stato della Chiesa, partecipazione alla campagna contro i Turchi e in particolare alla battaglia di Lepanto, 1570-71, 1572: generale delle fanterie pontificie), entrò dal 1573 al servizio del duca Emanuele Filiberto di Savoia che lo nominò cavaliere di gran croce e commendatore maggiore di Piemonte. Subito dopo il matrimonio con la ricca ereditiera Livia Capranica, il fratello acquistò per lui il feudo di Salci (al confine tra Umbria e Lazio) del quale assunse il titolo di Duca.
L'atteggiamento filospagnolo della famiglia è confermato dalla carriera di Antonio Pio, capitano delle truppe spagnole del Milanese che nel 1594 prestò giuramento di fedeltà alla Corona spagnola in qualità di Marchese di Cassano (d'Adda, al confine tra Lombardia e Piemonte).
Nel Settecento i Bonelli si imparentarono con i Crescenzi, una tra le più antiche famiglie della nobiltà romana, a seguito del matrimonio di Marcantonio, marchese di Cassano e Duca di Salci, con Violante Crescenzi. Poiché i Crescenzi si estinsero alla morte dell'ultimo discendente maschile, Virgilio, nel 1761, cui seguì due anni dopo la morte del fratello, il Cardinale Marcello, i beni di questo ramo dei Crescenzi passarono ai Bonelli che così ne ereditarono il palazzo.
Il palazzo, noto a Roma come palazzo Bonelli, era stato fatto costruire intorno alla prima metà dei Seicento dall'architetto Niccolò Sebregondi per il cardinale Pierpaolo Crescenzi, nel rione di S. Eustachio. Si tratta di un palazzo di particolare pregio che risale alla fine del Cinquecento, dotato di interessanti decorazioni ad affresco realizzate da Cristoforo Roncalli, detto il Pomarancio, amico del Cardinale Crescenzi (prima metà del Seicento). Fu venduto dai Bonelli nel 1853.
Tra i personaggi Bonelli più interessanti a cavallo tra Sette e Ottocento si segnala Pio Camillo, che succeduto al padre Marcantonio nel titolo di marchese di Cassano, vendette poi il feudo nel 1781. Ben presto massone, fu tra i più accesi sostenitori della causa francese a Roma tanto che nel 1798, alla nascita della Repubblica Romana, fu nominato tra i consoli provvisori; alla caduta della Repubblica romana, seguì i Francesi. I suoi beni furono più volte confiscati dalla amministrazione papalina; tornò a Roma nel 1809, quando questa fu annessa all'Impero. Con la restaurazione si ritirò a vita privata.
Per l'epoca ottocentesca si segnala Leonardo Bonelli, nato a Roma nel 1774 da Marcantonio e Giuditta Azili, che dopo aver studiato legge e fatto pratica presso Giulio Serpieri, nella prima parte della sua vita seguì la carriera ecclesiastica: nel 1796 fu nominato referendario nelle due Segnature e tra i prelati del Tribunale della Rev. Fabbrica di San Pietro. Con l'arrivo dei francesi, si spogliò degli abiti ecclesiastici e in difesa del Papa, si mise alla testa di un battaglione di volontari, molti provenienti dal feudo di Salci. Nel 1801 fu ascritto alla Guardia nobile di Pio VII; nel 1814 fu uno dei deputati all'amministrazione dei Conservatorii e nel 1818 fu nominato Deputato dell'Acqua e dell'annona. Venne interdetto il 24 aprile 1842. Morì nel 1853.
Dall'unione con Maria Carolina Foschi ebbe 5 figli: di questi maschio superstite fu David (1819-1868), che fu guardia nobile pontificia e capitano dei dragoni. Sono state trovate diverse carte non solo amministrative, ma anche carteggi a lui indirizzati.
Per quanto riguarda la presenza di carte della famiglia Raggi di Genova nell'archivio Bonelli non è al momento chiaro se sia legata ad una questione matrimoniale o ereditaria; è certo tuttavia che si tratta delle carte di un ramo della famiglia genovese dei Raggi, che al pari dei Doria, annovera figure di grande interesse, non solo nel campo finanziario, ma anche politico. Molti membri della famiglia Raggi li ritroviamo alla fine del Cinquecento al servizio della corte papale, dall'epoca di Paolo V a quella di Urbano VIII. Nel 1648 Lorenzo Raggi fu nominato cardinale da papa Innocenzo X.
Nel Novecento Donna Wanda (Firenze, 19 settembre 1891- ivi morta il 16 dicembre 1965), figlia del duca don Pio Alessandro (morto nel 1897) e di Teodosia nobile Cappelli (morta nel 1925), sposò Giovanni Tognini, medico (morto il 5 ottobre 1967). Ottenne che i figli tra cui Leone, aggiungessero il cognome Bonelli con Decreto del Presidente della Repubblica Italiana del 19 agosto 1948.