Il governo della nuova comunità, era costituito dal Magistrato composto da un Gonfaloniere, nominato da sovrano e in carica per tre anni, e da alcuni priori in carica per un anno. Il Magistrato, affiancato da un consigliere per ciascun popolo della comunità, andava a formare il Consiglio Generale. Al Gonfaloniere vennero attribuite funzioni di controllo su di un ampio ventaglio di affari comunitativi, che andavano dall'amministrazione del fisco, dall'ordine pubblico all'assetto del territorio. Al Magistrato spettavano l'elezione del camarlingo, in carica per tre anni, e l'approvazione del bilancio di previsione e dei conti consuntivi. Il Consiglio, in carica per un anno, si riuniva di regola una sola volta, nel mese di settembre, assieme al Magistrato per eleggere i deputati incaricati della ripartizione della tassa di famiglia e gli impiegati della comunità e per deliberare sull'eventuale apertura di nuove strade.
Un nuovo regolamento comunale fu emanato nel 1849, successivamente alla fuga a Gaeta del Granduca e all'instaurazione di un governo provvisorio. Tale regolamento introduceva nella legislazione comunale elementi maggiormente progressisti: era previsto che i componenti del Consiglio generale fossero eletti dai maggiori contribuenti della Comunità: i Consiglieri, a loro volta, avrebbero poi eletto i membri del Magistrato comunitativo, con la proporzione di un priore ogni quattro consiglieri. I cambiamenti non riguardarono, tuttavia, soltanto i criteri di selezione degli incaricati della gestione della cosa pubblica. Anche le competenze degli organi furono radicalmente trasformate: rovesciando la precedente gerarchia fra i due organi, al Magistrato veniva ora affidata la sola esecuzione delle deliberazioni del Consiglio generale, al quale erano riconosciute maggiori competenze rispetto al regolamento del 1816. Il ritorno del Granduca avrebbe portato, nel 1853, alla soppressione di questo regolamento, sostituito con un nuovo corpo normativo molto più restrittivo, che ben rifletteva il clima della seconda restaurazione conosciuta dal Granducato di Toscana. Soltanto nel 1859, dopo la definitiva fuga del Granduca, il nuovo governo provvisorio avrebbe emanato un nuovo regolamento, molto simile a quello del 1849, destinato a restare in vigore fino all'elaborazione delle leggi amministrative del Regno d'Italia nel 1865, fra cui figurava la prima legge comunale e provinciale dello Stato unitario del 20 marzo 1865 che soppresse definitivamente le comunità.
Il comune moderno consta della fusione di Capraia con Limite, un borgo ai piedi del Montalbano al confine tra le giurisdizioni ecclesiastiche e politiche di Pistoia e Firenze. Questo, grazie soprattutto allo sfruttamento del fiume Arno da parte dei navicellai, riuscì con ad attrarre la maggior parte degli abitanti dei borghi vicini e divenire il centro più importante di questo territorio, tanto da trasferirvi, nel 1874, la sede comunale.