Il Capitano, che aveva pieni poteri militari e civili, aveva un giudice che si occupava delle cause civili ed esercitava la sua giurisdizione su Cutigliano, San Marcello, Lizzano, Piteglio, Popiglio, Gavinana e Mammiano. In caso di appello di negata giustizia, si ricorreva ai tribunali di Pistoia.
Nel corso del XIV secolo la Montagna conobbe sollevazioni e guerre locali tra castelli pistoiesi e lucchesi, come quella che contrappose Cutigliano, Lizzano, Piteglio, Popiglio, Calamecca, Crespole e Lanciole, pistoiesi, a Controne, Vico, Pontito e altri castelli lucchesi.
Al tempo di Cosimo I la Montagna e Pistoia furono affidate al governo dei Quattro Commissari fiorentini con pieni poteri giudiziari e amministrativi. Nel 1556 fu attuato il distacco della Montagna da Pistoia e dal suo contado, affidata, con provvedimento del 28 giugno 1563, al governo della Pratica Segreta. Da allora la residenza del Capitano continuò ad alternarsi tra Cutigliano e San Marcello. L'appello giudiziario continuò ad essere demandato ai Priori di Pistoia, al suo Capitano e alla Ruota di Firenze.
Con la legge del settembre 1772 Cutigliano venne a far parte del vicariato maggiore di San Marcello. La residenza del giusdicente fu abolita e fissata perpetuamente in San Marcello. Due volte al mese il notaio civile aveva obbligo di recarsi a Cutigliano e rendervi ragione. Il 6 novembre 1775 si proibì nuovamente al giusdicente la residenza a Cutigliano.
Prima della riforma comunitativa, il comune di Cutigliano corrispondeva al popolo, o parrocchia, della Pieve di San Bartolommeo. Con il regolamento locale del 24 aprile 1775 i diversi comuni della Montagna vennero fusi nella nuova Comunità della Montagna pistoiese, con sede a San Marcello; il Capitanato venne soppresso.
Il primo di dicembre del 1808, con deliberazione della Giunta di Toscana, fu creata la mairie di Cutigliano comprendente le parrocchie di S. Maria degli Ontani, Melo, Piano Sinatico e Boscolungo e dipendente dal cantone di San Marcello, circondario di Pistoia, dipartimento dell'Arno. La mairie dipendeva, inoltre, dalla giudicatura di pace di San Marcello.
Nel periodo della restaurazione Cutigliano continuò a far parte del vicariato della Montagna di Pistoia, anche a seguito della legge del 3 agosto 1838.
Con il ritorno di Ferdinando III di Lorena in Toscana, prefetture, sottoprefetture e mairies vennero soppresse, pur continuando di fatto ad esistere fino al 1816. Gli uffici restaurati trassero tuttavia esperienza dalla passata amministrazione sia riguardo all'accentramento del governo comunitativo che in materia di previsione finanziaria. Per quanto riguarda la Montagna pistoiese, fu mantenuta la divisione del territorio operata dai francesi che dette vita alle comunità di San Marcello, Cutigliano, Sambuca e Piteglio poste alle dipendenze della restaurata Cancelleria di San Marcello. Il governo di ciascuna comunità venne affidato al Magistrato costituito dal gonfaloniere, nominato dal sovrano, e da due priori. Specifiche competenze del Magistrato erano l'elezione del camarlingo, responsabile della riscossione delle imposte dirette e indirette, e l'approvazione del bilancio di previsione. Al gonfaloniere, che rimaneva in carica tre anni, furono invece attribuite funzioni di controllo su l'amministrazione del fisco, l'ordine pubblico e l'assetto del territorio. I priori, insieme a tre consiglieri costituivano il Consiglio Generale, anch'esso oggetto di selezione da parte dell'autorità centrale. Il Consiglio, che durava in carica un anno, si riuniva una sola volta nel corso del proprio mandato, assieme al Magistrato, per eleggere i deputati incaricati della ripartizione della tassa di famiglia, gli impiegati della comunità e per deliberare sull'eventuale apertura di nuove strade. Per quanto riguarda l'amministrazione della giustizia, il territorio montano tornò di competenza di un vicario, con sede a San Marcello, la cui autorità si estendeva alle comunità comprese nel territorio della Cancelleria. La comunità di Cutigliano dipese da San Marcello anche in quanto sede dal 1820 del circondario di arruolamento, dal 1840 dell'ingegnere di circondario e dal 1848 del distretto elettorale.
Con la legge compartimentale del 1848, Cutigliano fu compreso nella circoscrizione della pretura di San Marcello e nella delegazione di governo che lì aveva sede. Amministrativamente fu compreso nella prefettura di Pistoia. Con l'abolizione di quella prefettura, venne a dipendere dal compartimento di Firenze. Con la creazione della provincia di Pistoia nel 1927 vi fu compreso anche Cutigliano.
Nel 1865 la legge sull'unificazione amministrativa segnò la costituzione, nell'ambito dello Stato unitario, del moderno comune di Cutigliano.
Nel 1936 il territorio di Boscolungo-Abetone venne scorporato dal territorio di Cutigliano e divenne comune autonomo.