Con la legge del Regno di Napoli 2 agosto 1806 n. 130 fu sancita la definitiva abolizione del sistema feudale e di tutte le sue attribuzioni. La legge 8 agosto 1806 n. 132 produsse importanti innovazioni nell'amministrazione del Regno di Napoli, dividendo il territorio in province e distretti, nell'ambito dei quali furono ripartiti i "comuni", termine introdotto dalla legge ancora in alternanza con la denominazione di "università".
Nel decreto 4 maggio 1811 n. 922 Poggio Imperiale era annoverata come frazione del Comune di Lesina ed era inclusa nel circondario di San Paolo, distretto di San Severo, all'interno della provincia di Capitanata. Il Comune di Poggio Imperiale nacque infatti come amministrazione autonoma il 18 gennaio 1816 quando, in applicazione della legge del Regno di Napoli del 1806, si insediò il primo decurionato, organo rappresentativo cui spettava la scelta degli amministratori e la discussione dei conti da essi presentati. In realtà il processo di separazione dal Comune di Lesina era stato già avviato nel 1814: a partire da tale data i due enti, su concessione del Ministro degli affari interni, iniziarono a compilare distintamente i rispettivi Bilanci di previsione delle entrate e delle spese. Il 19 gennaio 1816 furono nominati il primo sindaco del Comune di Poggio Imperiale, Giuseppe de Cicco, e due eletti, Francesco Braccia e Francesco Morrone, che entrarono in carica il 1° aprile 1816. Pochi giorni dopo fu emanato il decreto 1 maggio 1816 n. 360 sulla circoscrizione amministrativa del Regno delle due Sicilie, che non recepiva l'avvenuta separazione delle due amministrazioni poiché Poggio Imperiale, che contava allora 794 abitanti e rimaneva incluso nel circondario di San Paolo, distretto di San Severo, risultava ancora frazione del comune di Lesina. Lo stesso decreto prevedeva all'art. 10 il divieto da parte dei comuni del Regno di presentare prima del 1819 istanze di separazione che modificassero la ripartizione territoriale appena sancita. Ciò non impedì l'emanazione del decreto del Regno delle due Sicilie 19 novembre 1817 n. 982 che formalizzava l'autonomia del comune di Poggio Imperiale, poiché la relativa richiesta era stata inoltrata nel 1814. La separazione tra i due comuni fu successivamente sanzionata con decreto del Regno delle due Sicilie 25 gennaio 1820 n. 1876. Con la legge comunale e provinciale 20 marzo 1865 n. 2248 all. A il Regno d'Italia fu ripartito in province, circondari, mandamenti e comuni. La stessa legge istituiva presso ogni comune, quali organi rappresentativi e deliberativi sostitutivi del decurionato, un consiglio comunale e una giunta municipale, che avrebbero affiancato il sindaco nell'amministrazione cittadina. Anche grazie allo sviluppo demografico, che si attestava a ottocento anime nella seconda metà dell'Ottocento e a quattromila abitanti intorno agli anni Sessanta del Novecento, il comune di Poggio Imperiale riuscì a emanciparsi dal vicino e più rilevante, nonché antico, comune di Lesina: l'ultimo atto di affermazione della propria indipendenza rispetto alla città limitrofa si realizzò nel 1893, quando il cardinale Camillo Siciliano di Rende, con decreto del 16 luglio, conferì piena autonomia alla chiesa di Poggio Imperiale, già dipendente da quella di Lesina, autonomia che tuttavia sarebbe stata riconosciuta solo nel 1925. In seguito all'adozione dell'ordinamento comunale fascista disposta, per i comuni con popolazione fino a 5000 abitanti, con legge 4 febbraio 1926 n. 237, estesa poi a tutti i comuni con legge 3 settembre 1926 n. 1910, il comune di Poggio Imperiale veniva amministrato da un podestà di nomina regia che ereditava le competenze esercitate dal consiglio, dalla giunta e dal sindaco. Con la caduta del fascismo e l'emanazione del regio decreto legge 4 aprile 1944 n. 111, presso il Comune di Poggio Imperiale furono ripristinati gli organi del sindaco e della Giunta riservandone la nomina al prefetto della provincia di Foggia; ai sensi del decreto legislativo luogotenenziale 7 gennaio 1946 n. 1 si insediò anche il Consiglio comunale e si ristabilì il sistema elettivo e di nomina dei tre organi vigente prima del 1926. Nel 1991 la popolazione residente nel comune di Poggio Imperiale ammontava a 3111 abitanti (censimento 1991).