Per quanto riguarda l'amministrazione della giustizia criminale la Lega di Fiesole venne definitivamente inserita, a partire dal 1415 nella giurisdizione del Vicariato del Mugello con sede a Scarperia, mentre per l'amministrazione della giustizia civile e del danno dato, Fiesole divenne, nello stesso anno, sede di una podesteria che successivamente nel 1424 venne unita a quella di Sesto Fiorentino. Gli atti dei podestà sono oggi conservati presso l'Archivio di Stato di Firenze.
Nell'ambito del riassetto territoriale ed amministrativo delle comunità del Granducato, avviato nel 1774 con i Regolamenti generali per le comunità, venne costituita la nuova comunità di Fiesole che raggiunse in questa fase la sua massima espansione. Ancora compresa nella cancelleria comunitativa di Fiesole, di cui era capoluogo, essa era costituita territorialmente dai popoli già appartenenti alla preesistente Lega e Podesteria di Fiesole. Ad essi si aggiungevano però i popoli di San Iacopo e San Donato in Polverosa, San Gervasio, San Marco Vecchio, San Martino a Montughi, e, limitatamente al territorio fuori dalle mura di Firenze i popoli di San Pier Maggiore, San Gallo, Santa Lucia sul Prato, San Lorenzino, provenienti dalla soppressa cancelleria dei sobborghi. Gli organismi di governo della nuova comunità, rinnovati annualmente, erano costituiti dal Magistrato, formato dal Gonfaloniere e da dieci rappresentanti, e dal Consiglio, del quale facevano parte, oltre ai componenti del Magistrato, anche 20 deputati dei popoli. Il Magistrato provvedeva alla elezione, ogni triennio, del camarlingo e del provveditore delle strade e fabbriche comunitative. La comunità venne soppressa, al pari delle altre istituzioni granducali, durante la dominazione francese. Per quanto riguarda l'amministrazione della giustizia, con la riforma dei tribunali del 1772, la podesteria di Fiesole venne separata da quella di Sesto (alla quale andarono le competenze su Brozzi), con l'obbligo di residenza permanente del podestà, mentre il criminale passava sotto la giurisdizione diretta della Ruota di Firenze.
In conseguenza dell'annessione della Toscana all'Impero francese, Fiesole divenne capoluogo di una mairie la cui estensione territoriale comprese solo una parte dei popoli della antica comunità di Fiesole, che, per altra parte, vennero attribuiti alla mairie del Pellegrino.
La mairie di Fiesole venne inserita nel Dipartimento di Prefettura dell'Arno e nel circondario di Sottoprefettura di Firenze e fu sede anche, per ciò che riguardava l'amministrazione della giustizia, di una giudicatura di pace, dipendente dal Tribunale di prima istanza e corte criminale di Firenze. La sua circoscrizione comprese i popoli della Badia e di Sant'Andrea e San Martino a Sveglia, San Romolo, San Clemente in Poggio, Torri, Girone, Montereggi, Basciano, Serpiolle, Saletta, Buiano, Coverciano, Pontanico, Vincigliata, Ontignano, Vico, Maiano, San Martino a Mensola, Terenzano, Gignolo, Muscoli, Quintole, Santo Stefano in Pane, San Iacopo e San Donato in Polverosa, San Gervasio, San Marco Vecchio, San Pier Maggiore, San Gallo, Santa Lucia sul Prato, San Lorenzino. Come confine con la mairie del Pellegrino fu stabilito il percorso del Mugnone e poi la strada Bolognese.
L'assetto amministrativo della comunità di Fiesole, sancito dalle riforme leopoldine del 1774 e interrotto poi dalla parentesi francese, venne ripristinato nel 1814, con la legge del 27 giugno. Il territorio della comunità restaurata coincise con quello della soppressa mairie. La vita di questa nuova comunità venne regolata, uniformemente alle altre comunità del Granducato, dai regolamenti emanati nel 1816, nel 1849, nel 1853 e, dal Governo provvisorio, nel 1859.
Nel frattempo, con l'attuazione del catasto particellare nel 1832, si provvide a rivedere le confinazioni tra il territorio di Fiesole e quello del Pellegrino e così pure tra Fiesole e Firenze. Venne ripristinata la podesteria preesistente al 1808 che rimase invariata fino alla riforma del 1848, in seguito alla quale venne creata la Pretura di Fiesole nell'ambito del tribunale di prima istanza di Firenze.
Gli atti della podesteria di Sesto e Fiesole, della Giudicatura di Pace e della Pretura si trovano presso l'Archivio di Stato di Firenze.
All'indomani dell'unità d'Italia, Fiesole divenne sede di un comune. Nel corso dell' Ottocento il comune di Fiesole subì considerevoli variazioni. Nel luglio del 1865 furono ampliati i confini della città di Firenze a spese dei comuni limitrofi: verso Fiesole arrivò fino alla piazza di San Domenico. In questa occasione le parti residue degli ex comuni di Rovezzano e Pellegrino vennero riunite a ciò che restava del comune di Fiesole. Queste frazioni, insieme a quella di Settignano e alle parrocchie di Coverciano e di S. Martino a Mensola, passarono, nel 1910 a Firenze.