Nell'anno 1685, a due anni di distanza dall'uscita dei Teatini dalla chiesa, la confraternita di S. Giuseppe - su sollecitazione dell'arcivescovo di Bari - riprese vigore, fu fondata canonicamente e formulò il primo statuto sottoscritto da centoquaranta cittadini baresi appartenenti al mondo delle professioni. Furono questi gli anni più fervidi per la confraternita, anche dal punto di vista economico.
Nei primi decenni del XVIII secolo vi si registrò un declino nella componente numerica: in questi anni si compiva il passaggio per la confraternita dalla sua clericalizzazione all'affermazione del carattere laicale che sarebbe stato sancito dal regio assenso del 1789.
Quanto alle vicende dell'Ottocento, a seguito del decreto del 16 ottobre 1809 l'amministrazione dei beni e delle rendite della confraternita passò alla Commissione amministrativa, installata a Bari dal Consiglio generale di amministrazione; ma ben presto, con il decreto del 1 febbraio 1816, venne restituita alla confraternita l'amministrazione diretta di beni e rendite, nel momento in cui, tuttavia, si profilava all'orizzonte il processo del lento ma inesorabile estinguersi del suo patrimonio. A causa della tenuità delle rendite il sodalizio procedette nel 1821 a una piccola riforma interna, che comportò la distinzione tra la cassa del mortorio e la cassa delle rendite, l'aumento della quota mensile per i confratelli e modalità più modeste per l'accompagnamento funebre: scelte impopolari, che portarono a un nuovo momento di crisi, coincidente con il sempre più forte controllo statale.
Tuttavia nel clima generale della rinnovata fede in Dio, che seguì ai moti insurrezionali del 1820-1821 e del 1831, la confraternita trovò ancora una volta la forza per riorganizzarsi. Nel 1844 furono formulati gli articoli addizionali allo statuto settecentesco e ripristinato il titolo di arciconfratenita.
Il regime amministrativo della confraternita non cambiò con la legge del 3 agosto 1862; il cambiamento avvenne in modo sostanziale a partire dalla riforma Crispi del 1890 sulle istituzioni pubbliche di beneficenza, che introduceva un rigido controllo statale sul patrimonio delle confraternite, in conseguenza del quale le entrate vennero totalmente assorbite dalle spese di amministrazione, dai pesi patrimoniali, da imposte e tasse, oltre che da spese di culto.
Il fine della confraternita fu parzialmente trasformato con regio decreto del 16 giugno 1909 e il 6 novembre 1911 con atto formale fu devoluta l'annua rendita del sodalizio a beneficio dell'ospedale Consorziale di Bari. Con regio decreto del 10 febbraio 1936 l'arciconfraternita passò alle dipendenze dell'autorità ecclesiastica a norma del Concordato del 1929. I decenni successivi risentirono dei tragici avvenimenti generali.
Dal 14 bebbraio 1990 l'arciconfraternita risulta iscritta nel Registro delle persone giuridiche presso il Tribunale di Bari.