Il mancato ritrovamento di statuti non permette una ricostruzione dettagliata dell'organizzazione interna della Fratellanza. Si sa che allo statuto di fondazione vennero apportate modifiche già nel 1874; nel 1883 ne fu realizzato uno nuovo, ulteriormente modificato nel 1887. Nel corso del 1889, all'interno della Fratellanza, iniziò una lunga fase di discussione che ebbe come risultato, alla fine dell'anno, la fusione con la Società generale di mutuo soccorso fra gli artisti e gli operai di Perugia. Il processo fu avviato dalla stessa Società generale che, dopo l'invio del proprio statuto del 1888, in una lettera del 1889, aveva espresso il desiderio di vedere riunite tutte le società rionali perugine per poter così rafforzare gli interessi della classe operaia. L'Assemblea generale del 6 ottobre 1889 votò favorevolmente la proposta di fusione e si avanzò domanda di iscrizione nei ruoli della Società generale di tutti i soci della Fratellanza. Il Consiglio direttivo ratificò, nella seduta del 31 ottobre 1889, le decisioni prese e diede corso a tutte le formalità prima di dichiarare lo scioglimento della Fratellanza e l'adesione alla Società generale, che partì dal giorno successivo, 1° novembre. La consegna dei capitali, depositati alla Cassa di risparmio di Perugia e svincolati a favore della Società, e la firma del verbale di fusione, avvennero l'8 novembre dello stesso anno.