Sotto il profilo amministrativo il distacco dalla podesteria di Laterina non implicò particolari conseguenze: Castiglion Fibocchi continuò a dipendere dai Nove Conservatori e a versare all'erario gli introiti delle imposizioni universali e di alcune gabelle. Alla fine del XVII secolo con la morte dell'ultimo discendente dei del Borro il territorio venne amministrato direttamente dalla Camera granducale e in seguito tornò ad essere sottoposto alla giurisdizione civile della podesteria di Laterina, che con la riforma dei governi provinciali del 1772 era stata interamente compresa nella circoscrizione del vicariato del Valdarno superiore. Nel 1784 quando la podesteria di Laterina fu soppressa tutti i suoi territori, compreso Castiglion Fibocchi, passarono a quella di Montevarchi, anch'essa sottoposta al vicariato del Valdarno superiore. Dotato di statuti propri e di propri organi deliberativi, Castiglion Fibocchi nel 1775, in occasione delle riforme leopoldine delle comunità del distretto, costituì insieme a Gello Biscardo una nuova comunità denominata Due comuni distrettuali di Laterina.