La sezione degli archivi aggregati comprende gli archivi di istituzioni le cui funzioni sono state nel tempo assorbite dal Comune di Siena o che hanno lasciato ad esso la loro documentazione. Si tratta in particolare degli archivi dei comuni non più esistenti delle Masse del Terzo di Città (organizzato nei fondi Comunità di Monistero [1 pezzo dal 1527 al 1775], Comunità delle Masse del Terzo di Città [186 pezzi dal 1778 al 1865] e Comune delle Masse del Terzo di Città [35 pezzi dal 1865 al 1869]), delle Masse del Terzo di S. Martino (organizzato nei fondi Comunità delle Masse del Terzo di S. Martino [258 pezzi dal 1778 al 1865], contenente anche documentazione dell'Ingegnere del circondario di Castelnuovo Berardenga, e Comune delle Masse del Terzo di S. Martino [54 pezzi dal 1865 al 1869]), e delle Masse di Siena (636 pezzi dal 1869 al 1905), nonché della Cancelleria comunitativa delle Masse (4 pezzi dal 1778 al 1808 e 38 pezzi dal 1814 al 1826). Quali altri archivi aggregati descritti nell'inventario e prodotti da istituzioni pubbliche o private troviamo: Regia Cavallerizza (14 pezzi dal 1773 al 1846), Accademia degli Intronati (4 pezzi dal 1788 al 1807), Accademia dei Rinnovati (100 pezzi dal 1778 al 1969), Biblioteca comunale degli Intronati (29 serie aperte dal 1810), Collegio Tolomei (5 pezzi dal 1849 al 1890), Circondario di arruolamento militare (17 pezzi dal 1853 al 1860), Congregazione di carità (207 pezzi dal 1873 al 1937), Ente comunale di assistenza (1035 pezzi dal 1937 al 1978), Fondazione per i liberati dalle carceri (6 pezzi dal 1900 al 1937) e Ente autonomo per le settimane musicali senesi (17 pezzi dal 1950 al 1966). Altri fondi aggregati all'Archivio delle Masse di Siena sono quelli dei Consorzi istituiti tra le comunità e i comuni delle Masse del Terzo di S. Martino e del Terzo di Città (14 pezzi dal 1864 al 1871), del Giudice conciliatore del Comune delle Masse di Siena (15 pezzi dal 1869 al 1905), del Consorzio intercomunale per la rettificazione della salita di Montarioso (3 pezzi dal 1880 al 1896), della Congregazione di carità del Comune delle Masse di Siena (11 pezzi dal 1877 al 1905) della Compagnia della natività di Maria Santissima di Ponte a Tressa (1 pezzo del 1904) e della Comunità di Monteriggioni (1 pezzo dal 1799 al 1816).