Ma nel 1876 morì di tifo anche Giacomo. Questo nuovo lutto colpì duramente Giovanni, che ebbe un periodo di crisi (nel 1879 passò anche tre mesi in carcere per motivi politici), riprendendo però alla fine gli studi e laureandosi nel 1882 a pieni voti su Alceo.
Iniziò quindi ad insegnare nei licei, dapprima a Matera, poi a Massa (ove lo raggiunsero le sorelle Ida e Maria), poi a Livorno; contemporaneamente pubblicò la prime poesie.
Nel 1886 compose alcuni madrigali, primo nucleo delle Myricae che, arricchite negli anni seguenti da altre poesie, furono pubblicate con questo titolo nel 1891; già nel gennaio 1892 uscì la seconda edizione e una terza,arricchita da altre 47 poesie, nel 1894; l'attività di poeta del Pascoli negli anni successivi divenne sempre più prevalente.
Nel 1895 si sposò la sorella Ida,distacco che risultò doloroso per il poeta, anche se l'altra sorella Maria gli rimase sempre accanto: Giovanni e Maria lasciarono Livorno e si trasferirono a Castelvecchio.
Nel 1896 fu nominato professore incaricato di Grammatica latina nell'Università di Bologna; l'anno successivo pubblicò l'antologia latina "Epos" e, sull rivista il «Marzocco», la prima parte dei "Pensieri dell'arte poetica". Nel 1898 divenne ordinario di Letteratura latina a Messina; proseguiva però anche la sua attività di poeta: pubblicò i "Poemetti" (1897)e l'edizione definitiva di Myricae(1898).
Nel 1903 uscirono i "Canti di Castelvecchio"; lo stesso anno fu nominato professore ordinario di Grammatica greca e latina all'Università di Pisa. Nel 1906 ottenne la cattedra di Letteratura italiana all'Università di Bologna, trascorrendo però lunghi soggiorni a Castelvecchio.
Negli anni seguenti si ammalò gravemente di cirrosi epatica; nel 1912 andò a Bologna, dove gli fu diagnosticato un tumore al fegato; morì il 6 aprile dello stesso anno.