Nel 1757 subentrò il Piano per la nuova amministrazione del borgo di Gallarate per decreto della real giunta, che prevedeva che il reggimento della comunità dovesse essere composto da sei deputati degli estimati, da eleggersi uno per contrada, più il deputato del personale e quello del mercimonio. Gli otto deputati dell'estimo erano nominati dal convocato generale, costituendo una terna di candidati per ogni deputato, da presentare al feudatario di Gallarate, che operava la scelta. Nel 1771 Gallarate contava 21.637 abitanti. Nel compartimento territoriale della Lombardia austriaca del 1786, il comune di Gallarate divenne capoluogo dell'omonima provincia. Nel 1787 capoluogo della provincia divenne Varese, subito integrato nella provincia di Milano, pur rimanendo sede dell'intendenza politica. Nel 1791 il comune di Gallarate si trovava inserito nel distretto censuario XXXIII della provincia di Milano.
A seguito della legge 26 marzo 1798 di organizzazione del dipartimento del Verbano il comune di Gallarate compariva nello stesso tempo come terza ripartizione del dipartimento e come capoluogo del distretto di Gallarate, contrassegnato con il numero 13. Soppresso il dipartimento del Verbano, con la successiva legge 26 settembre 1798 di ripartizione territoriale dei dipartimenti d'Olona, Alto Po, Serio e Mincio, Gallarate rimase capoluogo del distretto 13, che era stato spostato nel dipartimento dell'Olona. Con il compartimento territoriale del 1801 Gallarate divenne capoluogo del distretto IV del dipartimento dell'Olona. Nel 1805 il comune divenne nel contempo capoluogo del I cantone e del IV distretto del dipartimento dell'Olona. Il comune, di II classe, aveva 3345 abitanti. A seguito dell'aggregazione dei comuni del dipartimento d'Olona, in accordo con il piano previsto già nel 1807 e parzialmente rivisto nel biennio successivo, il comune denominativo di Gallarate era capoluogo, con 3311 abitanti, del cantone I del distretto IV di Gallarate. Con la successiva concentrazione e unione di comuni nel dipartimento d'Olona, Gallarate, comune di II classe con 6300 abitanti complessivi, comprendeva gli aggregati di Gallarate, Arnate, Cardano, Cedrate, Crenna, ed era sempre a capo del cantone I del distretto IV di Gallarate.
Con l'attivazione dei comuni della provincia di Milano, in base alla compartimentazione territoriale del regno lombardo-veneto, Gallarate fu inserito nel distretto XIII come comune capoluogo. Tra il 1843 e il 1844 il commissario distrettuale di Gallarate stilò un rapporto sulla necessità di porre indicazioni confinarie tra i comuni del distretto, in particolare Cedrate, Gallarate, Cassano Magnago. Gallarate, comune con consiglio, fu confermato capoluogo del distretto XIII in forza del successivo compartimento territoriale delle province lombarde. Nel 1853, Gallarate, comune con consiglio comunale con ufficio proprio e con una popolazione di 5540 abitanti, fu posto a capo del distretto XII.
In seguito all'unione temporanea delle province lombarde al regno di Sardegna, in base al compartimento territoriale stabilito con la legge 23 ottobre 1859, il comune di Gallarate con 5.279 abitanti, retto da un consiglio di venti membri e da una giunta di quattro membri, fu incluso nel mandamento I di Gallarate, circondario IV di Gallarate, provincia di Milano. Alla costituzione nel 1861 del Regno d'Italia, il comune aveva una popolazione residente di 6.022 abitanti (Censimento 1861). In base alla legge sull'ordinamento comunale del 1865 il comune veniva amministrato da un sindaco, da una giunta e da un consiglio. Nel 1867 il comune risultava incluso nello stesso mandamento, circondario e provincia. Nel 1869 al comune di Gallarate vennero aggregati i soppressi comuni di Arnate e Cedrate. Popolazione residente nel comune: abitanti 7.576 (Censimento 1871); abitanti 8.617 (Censimento 1881); abitanti 11.952 (Censimento 1901); abitanti 17.271 (Censimento 1911); abitanti 17.191 (Censimento 1921). Nel 1923 al comune di Gallarate vennero aggregati i soppressi comuni di Cajello e Crenna. Nel 1924 il comune risultava incluso nel circondario di Gallarate della provincia di Milano. In seguito alla riforma dell'ordinamento comunale disposta nel 1926 il comune veniva amministrato da un podestà. Nel 1927 il comune venne aggregato alla provincia di Varese. Popolazione residente nel comune: 23.560 (Censimento 1931); abitanti 24.505 (Censimento 1936). In seguito alla riforma dell'ordinamento comunale disposta nel 1946 il comune di Gallarate veniva amministrato da un sindaco, da una giunta e da un consiglio. Popolazione residente nel comune: abitanti 29.728 (Censimento 1951); abitanti 35.477 (Censimento 1961); abitanti 43.685 (Censimento 1971). Nel 1971 il comune di Gallarate aveva una superficie di ettari 2.097.