Il Consiglio generale per l'amministrazione delle istituzioni locali era costituito dal vescovo e da tre probi cittadini della provincia; la Commissione amministrativa era formata da tre cittadini 'domiciliati nel medesimo luogo ove erano siti gli stabilimenti - dal segretario, dal contabile e dal cassiere, identificato di solito con il ricevitore comunale. Il regio decreto 2 dicembre 1813 stabilì che anche i luoghi pii laicali dovessero essere sottoposti alla suddetta Commissione; in particolare l'art. 5 prevedeva che "in ogni comune del regno l'amministrazione dei luoghi pii laicali sarà considerata come una sezione della amministrazione municipale, nel modo che si trova stabilito per gli ospizi".
Il funzionamento delle commissioni fu nuovamente disciplinato con le "Istruzioni per l'amministrazione degli Stabilimenti di beneficenza e dei luoghi pii laicali del regno", emanate dal Ministro degli affari interni il 20 maggio 1820 per autorizzazione sovrana. Quest'ampio testo normativo, di ben 158 articoli, rimase in vigore con minime modifiche fino al 1860.
Secondo quanto disposto dall'art. 87 dell'istruzione 20 maggio 1820, ciascuna Commissione era presieduta dal sindaco e composta da due amministratori delegati per tre anni.
Le attribuzioni delle Commissioni amministrative erano elencate all'art. 88 e riguardavano: il mantenimento dei proietti; di tutti i luoghi pii, stabilimenti e cappelle che nel 1805 (cioè prima dell'occupazione militare) venivano amministrati da deputati ed agenti comunali; delle istituzioni governate nel 1805 da particolari individui non chiamati o designati da testatori, né garantiti nelle loro amministrazioni da statuti o regole corroborate da regio assenso; delle istituzioni che, per essere estinte o disciolte le corporazioni che le rappresentavano, mancassero d'un legittimo corpo rappresentativo.
Non erano di competenza delle Commissioni amministrative: le arciconfraternite, le confraternite e le congregazioni, le cui regole fossero munite di regio assenso; le istituzioni laicali e i luoghi pii laicali, amministrati fino al 1805 da ecclesiastici; i conservatori e i ritiri che nel 1805 erano governati dalle proprie superiore o da particolari amministratori laici.
La legge del 3 agosto 1862 n. 753 sancì la soppressione delle Commissioni di beneficenza e la nascita della Congregazione di carità che assunse la gestione dei Luoghi Pii.