Con la "Riforma al governo della città e contado di Como", il comune di Capiago con Cassina Franca venne inserito, nel Territorio civile della città di Como, nella istituenda pieve di Zezio inferiore, così come compare anche nel compartimento territoriale dello Stato di Milano. Nel 1771 il comune contava 499 abitanti. Con la successiva suddivisione della Lombardia austriaca in province, il comune di Capiago con Cassina Franca venne confermato facente parte della pieve di Zezio inferiore ed inserito nella Provincia di Como. In forza del nuovo compartimento territoriale per l'anno 1791, la pieve di Zezio inferiore, di cui faceva parte il comune di Capiago, venne inclusa nel II distretto censuario della provincia di Como.
A seguito della suddivisione del territorio in dipartimenti, prevista dalla costituzione della Repubblica Cisalpina dell'8 luglio 1797, con legge del 27 marzo 1798 il comune di Capiago con Cassina Franca venne inserito nel Dipartimento del Lario, Distretto della pieve di Zezio inferiore. Con successiva legge del 26 settembre 1798 il comune venne trasportato nel Dipartimento dell'Olona, Distretto XXVIII di Cantù. Nel gennaio del 1799 contava 495 abitanti. Secondo quanto disposto dalla legge 13 maggio 1801, il comune, inserito nel Distretto primo di Como, tornò a far parte del ricostituito Dipartimento del Lario. Con la riorganizzazione del dipartimento, avviata a seguito della legge di riordino delle autorità amministrative e resa definitivamente esecutiva durante il Regno d'Italia, Capiago venne in un primo tempo inserito nel Distretto II ex comasco dei Borghi di Como, classificato comune di III classe, e successivamente collocato nel Distretto I di Como, Cantone II di Como. Il comune di Capiago con Cassina Franca nel 1805 contava 553 abitanti. Il successivo intervento di concentrazione disposto per i comuni di II e III, vide l'aggregazione del comune di Capiago ed uniti al comune di Montorfano, che fu inserito nel Distretto I di Como, Cantone V di Cantù. Prima della aggregazione il comune contava 482 abitanti. Tale aggregazione venne confermata con la successiva compartimentazione del 1812.
Con l'attivazione dei comuni della provincia di Como, in base alla compartimentazione territoriale del regno lombardo-veneto, il ricostituito comune di Capiago con Cassina Franca venne inserito nel distretto II di Como. Il comune Capiago con Cassina Amata, dotato di convocato, fu confermato nel distretto II di Como in forza del successivo compartimento delle province lombarde. Col compartimento territoriale della Lombardia, il comune di Capiago, che comprendeva la frazione di Cassina Amata, venne inserito nel distretto I di Como. La popolazione era costituita da 654 abitanti.
In seguito all'unione temporanea delle province lombarde al regno di Sardegna, in base al compartimento territoriale stabilito con la legge 23 ottobre 1859, il comune di Capiago con 755 abitanti, retto da un consiglio di quindici membri e da una giunta di due membri, fu incluso nel mandamento II di Como, circondario I di Como, provincia di Como. Alla costituzione nel 1861 del Regno d'Italia, il comune aveva una popolazione residente di 811 abitanti (Censimento 1861). In base alla legge sull'ordinamento comunale del 1865 il comune veniva amministrato da un sindaco, da una giunta e da un consiglio. Popolazione residente nel comune: abitanti 784 (Censimento 1871); abitanti 860 (Censimento 1881); abitanti 1.065 (Censimento 1901); abitanti 1.006 (Censimento 1911); abitanti 1.023 (Censimento 1921). Nel 1924 il comune risultava incluso nel circondario di Como della provincia di Como. In seguito alla riforma dell'ordinamento comunale disposta nel 1926 il comune veniva amministrato da un podestà. Nel 1928 il comune di Capiago venne aggregato al nuovo comune di Salvadera, attualmente denominato Capiago Intimiano.