Nel nuovo compartimento territoriale dello Stato di Milano, pubblicato dopo la "Riforma al governo e amministrazione delle comunità dello stato di Milano", il comune di Intimiano venne inserito tra le comunità della pieve di Galliano, nel territorio del ducato di Milano. Nel 1771 il comune contava 202 abitanti. Con la successiva suddivisione della Lombardia austriaca in province, il comune di Intimiano, sempre collocato nella pieve di Galliano, venne inserito nella Provincia di Milano. In forza del nuovo compartimento territoriale per l'anno 1791, la pieve di Galliano, di cui faceva parte il comune di Intimiano, venne inclusa nel XI distretto censuario della provincia di Milano.
A seguito della suddivisione del territorio in dipartimenti, prevista dalla costituzione della Repubblica Cisalpina dell'8 luglio 1797, con legge del 27 marzo 1798 il comune di Intimiano venne inserito nel Dipartimento del Lario, Distretto di Fino. Con successiva legge del 26 settembre 1798 il comune venne trasportato nel Dipartimento dell'Olona, Distretto XXVIII di Cantù. Nel gennaio del 1799 contava 231 abitanti. Secondo quanto disposto dalla legge 13 maggio 1801, il comune di Intimiano, inserito nel Distretto primo di Como, tornò a far parte del ricostituito Dipartimento del Lario. Con la riorganizzazione del dipartimento, avviata a seguito della legge di riordino delle autorità amministrative e resa definitivamente esecutiva durante il Regno d'Italia, Intimiano venne in un primo tempo inserito nel Distretto XI ex milanese di Cantù, classificato comune di III classe, e successivamente collocato nel Distretto I di Como, Cantone V di Cantù. Il comune di Intimiano nel 1805 contava 403 abitanti. Il successivo intervento di concentrazione disposto per i comuni di II e III classe, vide l'aggregazione del comune di Intimiano al comune di Montorfano, che fu inserito nel Distretto I di Como, Cantone V di Cantù. Prima della aggregazione Intimiano contava 243 abitanti. Tale aggregazione venne confermata con la successiva compartimentazione del 1812.
Con l'attivazione dei comuni della provincia di Como, in base alla compartimentazione territoriale del regno lombardo-veneto, il ricostituito comune di Intimiano venne inserito nel distretto XXVI di Mariano. Il comune di Intimiano, dotato di convocato, fu confermato nel distretto XXVI di Cantù in forza del successivo compartimento delle province lombarde. Col compartimento territoriale della Lombardia, il comune di Intimiano venne inserito nel distretto IV di Cantù. La popolazione era costituita da 420 abitanti.
In seguito all'unione temporanea delle province lombarde al regno di Sardegna, in base al compartimento territoriale stabilito con la legge 23 ottobre 1859, il comune di Intimiano con 466 abitanti, retto da un consiglio di quindici membri e da una giunta di due membri, fu incluso nel mandamento XII di Cantù, circondario I di Como, provincia di Como. Alla costituzione nel 1861 del Regno d'Italia, il comune aveva una popolazione residente di 472 abitanti (Censimento 1861). In base alla legge sull'ordinamento comunale del 1865 il comune veniva amministrato da un sindaco, da una giunta e da un consiglio. Popolazione residente nel comune: abitanti 453 (Censimento 1871); abitanti 540 (Censimento 1881); abitanti 620 (Censimento 1901); abitanti 635 (Censimento 1911); abitanti 683 (Censimento 1921). Nel 1924 il comune risultava incluso nel circondario di Como della provincia di Como. In seguito alla riforma dell'ordinamento comunale disposta nel 1926 il comune veniva amministrato da un podestà. Nel 1928 il comune di Intimiano venne aggregato al nuovo comune di Salvadera, attualmente denominato Capiago Intimiano.