A distanza di pochi mesi, in data 26 dicembre 1860, il Pepoli, con decreto commissariale n. 284, abrogò la sua precedente disposizione ed estese alla Provincia dell'Umbria, a partire dal 1° gennaio 1861, le direttive previste dalla legge sarda del 20 novembre 1859 sulle opere pie, con il relativo regolamento approvato con legge 18 agosto 1860.
I due decreti crearono, però, problemi di interpretazione ed applicazione, in particolare sulla legittimità della presa di possesso delle opere pie da parte delle congregazioni. I dubbi in tal senso furono chiariti con la circolare n. 18945 del 5 ottobre 1861 dell'intendente generale indirizzata ai sindaci, che riconosceva la validità di tali possessi. Altra questione fu quella dell'elezione dei membri e del presidente della congregazione; la legge del 1959 prevedeva, infatti, nuove norme e la conseguente decadenza dalla carica di quelli nominati dal commissario generale straordinario, nel frattempo anch'esso decaduto.
L'entrata in vigore della legge 3 agosto 1862, n. 753, primo provvedimento organico in materia di beneficenza trovò, pertanto, in Umbria, un processo già avviato, riconosciuto, del resto, dall'art. 32 del nuovo testo legislativo che previde che "nelle provincie pontificie, là dove le opere pie furono per decreti dei governatori e commissari straordinari già riunite sotto una sola amministrazione, questa sarà surrogata da amministrazioni speciali e dalle congregazioni comunali di carità a norma degli articoli 27 e 28".
A questo punto le congregazioni commissariali, cioè quelle costituitesi con il primo decreto di Pepoli, sospesero ogni ulteriore concentrazione delle opere pie, limitandosi all'amministrazione di quelle che erano già state acquisite, in attesa che venissero eletti i membri della costituenda congregazione comunale di carità, cui doveva essere consegnata la loro effettiva amministrazione. Tale passaggio fu, però, subordinato alla designazione, da parte del consiglio comunale, delle opere pie da sottoporre all'amministrazione del nuovo ente. Per quelle eventualmente escluse dalla concentrazione, il consiglio avrebbe dovuto proporre l'istituzione di amministrazioni speciali. Queste deliberazioni avevano valore propositivo, necessitando della sanzione regia per mezzo di decreto.
In molti comuni umbri, pertanto, si ebbero contemporaneamente, per alcuni anni, due congregazioni di carità: la commissariale e la comunale. Questo stato di cose durò fin tanto che la prima non consegnò alla seconda le amministrazioni delle opere pie di fatto in suo possesso e tutti gli atti prodotti fino alla effettiva soppressione.