Negli anni l'Istituto ha mutato più volte denominazione: dal 3 novembre 1979 in "Istituto regionale per la storia della Resistenza e della Guerra di liberazione in Emilia-Romagna"; dal 6 dicembre 1991 in quella di "Istituto Regionale Ferruccio Parri per la storia del movimento di liberazione e dell'età contemporanea in Emilia-Romagna"; dal 30 gennaio 2003, contestualmente all'approvazione del nuovo statuto, ha assunto la ragione giuridica di associazione privata senza scopi di lucro e la denominazione "Istituto Storico Parri Emilia-Romagna"; dal 28 giugno 2013 al 13 ottobre 2019 ha assunto la denominazione di "Istituto per la storia e le memorie del Novecento Parri E-R" inglobando l'Istituto per la storia della Resistenza e della società contemporanea nella provincia di Bologna Luciano Bergonzini - ISREBO, il Centro di documentazione storico politica sullo stragismo - Cedost e il Laboratorio nazionale per la didattica della storia - LANDIS nel quadro di una riorganizzazione di istituzioni culturali affini con la finalità di potenziare e articolare meglio l'offerta culturale nelle sue diverse forme, oltre che di razionalizzarne la gestione economica. Infine nell'ottobre del 2019 ha assunto l'attuale denominazione “Istituto Storico Parri”.
In base al nuovo statuto sono organi dell'Istituto: l'Assemblea dei soci, il Consiglio di indirizzo, il Consiglio di amministrazione, il Presidente e il Collegio dei revisori dei conti. Il Consiglio di indirizzo, che dura in carica tre anni, è composto fino a 21 membri scelti tra personalità del mondo scientifico e culturale, operatori del settore pubblico e privato con significative esperienze nei campi di competenza dell'Istituto. Di essi due sono nominati dalla Regione Emilia-Romagna, due dal Comune di Bologna, uno dall'Università di Bologna, e uno dalle Associazioni partigiane, i restanti membri sono eletti dall'Assemblea dei soci.
La concentrazione del patrimonio archivistico dell'Istituto prese l'avvio nella seconda metà degli anni '60 del Novecento con la raccolta, per fini di ricerca, di alcune migliaia di documenti - in prevalenza riproduzioni fotostatiche provenienti da soggetti diversi (ANPI, comuni della provincia di Bologna, Brigate Garibaldi dell'Emilia Romagna e privati possessori) - caratterizzati da grande eterogeneità e frammentarietà. È soprattutto nella seconda metà degli anni '70, in particolare con il cospicuo versamento effettuato nel 1979 dall'ANPI provinciale e regionale, che la missione primaria di conservare la memoria del movimento di liberazione si concretizzò attraverso la raccolta di carte prodotte dal movimento antifascista e partigiano e relative a soggetti e vicende resistenziali. Nei decenni successivi sono pervenuti numerosi depositi e donazioni sia da parte di enti e associazioni che da parte di privati. L'archivio (1936-1969, bb. 549) nel 1987 è stato dichiarato di notevole interesse storico con provvedimento del Soprintendente archivistico per l'Emilia Romagna n. 4 del 21 agosto. La dichiarazione di interesse storico particolarmente importante è stata in seguito rinnovata con provvedimento della Direzione regionale per i beni culturali e paesaggistici dell'Emilia Romagna n. 16 del 25 luglio 2011, sia per il considerevole incremento che il patrimonio documentario ha avuto nel corso degli anni attraverso l'acquisizione di un cospicuo numero di fondi cartacei, fotografici, audiovisivi, di manifesti, registrazione sonore, film in pellicola e audiovisivi, sia per la particolare rilevanza assunta anche dall'archivio dello stesso istituto in quanto testimonianza della politica culturale svolta negli anni.
L'Istituto accanto alla politica conservativa e di valorizzazione delle fonti, affianca una intensa attività di studi e ricerca, di formazione e aggiornamento rivolta a docenti e a studenti di ogni grado.
Nel 2005 l'Istituto si è trasferito nella sede attuale, l'antico complesso monastico di San Mattia che, entrato a far parte del patrimonio pubblico in epoca napoleonica, fu adibito a scuola e acquistato dal Comune di Bologna negli anni Venti del Novecento. Nella nuova sede sono ospitati anche l'Archivio storico della nuova sinistra Marco Pezzi e l'Archivio nazionale del film di famiglia.

La consultazione è libera e gratuita, salvo le limitazioni previste dalla normativa vigente e da eventuali situazioni contingenti della documentazione.
Si accede alla consultazione negli orari di apertura della biblioteca previo appuntamento e colloquio con l'archivista.
Per le modalità di accesso e consultazione si rinvia al sito web dell'Istituto.