A Pietro I succedettero gli abati Rimone e Ratfredo, quest’ultimo fece edificare nei pressi del castello un nuovo, vastissimo monastero, oggi in buona parte scomparso, che sarebbe stato il centro del potere dei farfensi del Piceno. A poco a poco i farfensi misero insieme, dal X secolo in poi, un immenso patrimonio, facendosi padroni di tutto un territorio dal fiume Tenna all’Adriatico, tra le attuali province di Macerata, Fermo e Ascoli. Le proprietà farfensi erano controllate da sei prepositure o priorati: la stessa Santa Vittoria, San Salvatore in Aso (presso Force), Santa Maria a Piè di Chienti (Montecosaro), Santa Maria in Georgio (Montegiorgio), Santa Maria di Offida e Santa Maria di Sculcola (Porto d’Ascoli).
Il potere politico dei farfensi ricevette un duro colpo dalle lotte tra papato e impero. L’abbazia di Farfa, infatti, era stata sin dall’inizio imperiale e perciò anche i farfensi del Piceno parteggiarono per l’imperatore, fino a quando l’abate di Santa Vittoria Berardo IV, fu scomunicato per questo motivo. Nel 1261 papa Urbano IV costrinse il monastero di Santa Vittoria a cedere il proprio potere temporale al Presidato Farfense, il cui Preside avrebbe risieduto per tre secoli nel piccolo centro divenuto nel frattempo libero Comune; nel 1446 vennero promulgati gli statuti comunali.
Nel Quattrocento inizia il declino del Presidiato che perdette via via importanza, fino a cessare del tutto nella seconda metà del Cinquecento; da papa Gregorio XIII i monaci furono, infatti, privati dei loro beni e assoggettati alla signoria dell’arcivescovo di Fermo. Stessa sorte toccò ai monaci di Santa Vittoria, messisi in conflitto con il papato, protestando aspramente contro la Riforma Cassinese del 1567. L’ordine farfense venne definitivamente soppresso da papa Urbano VIII con motu proprio del 1632. Il monastero cadde in rovina e fu demolito, insieme al castello, nel 1771. Con la fine del Presidato farfense Santa Vittoria divenne un piccolo centro del Fermano che avrebbe seguito le sorti della città episcopale cui si era a lungo contrapposta.
Con l'avvento della Repubblica romana Santa Vittoria fu inclusa nel Dipartimento del Tronto e divenne capo Cantone. Col Regno d’Italia napoleonico fu compreso, come comune autonomo, nel Dipartimento del Tronto, Distretto di Fermo. Con la Restaurazione fece parte della Delegazione apostolica di Fermo e fu sede di Governo.
Al momento dell’Unità d'Italia entrò a far parte della Provincia di Ascoli Piceno. Successivamente ha seguito le vicende istituzionali e amministrative di tutti i comuni italiani. Dal 2004, con l’istituzione della Provincia di Fermo, il Comune di Santa Vittoria in Matenano è stato ricompreso in questa Provincia.