Gli interessi dei comuni erano rappresentati dal decurionato, organo deliberativo i cui membri erano eletti in pubblico parlamento tra i capifamiglia compresi nel ruolo delle contribuzioni. Ai decurioni spettava la nomina degli amministratori - sindaco ed eletti - e la discussione dei conti da essi presentati al termine di ogni anno, la ripartizione tra i cittadini della quota di contribuzione diretta stabilita dal consiglio distrettuale, la formazione dello stato discusso delle rendite e delle spese (ossia il bilancio comunale), da sottoporre al sottointendente e all'intendente per i comuni con popolazione inferiore a seimila abitanti, e al parere definitivo del ministro dell'Interno per i comuni maggiori. Il sindaco era incaricato dell'amministrazione propriamente detta, mentre uno degli eletti aveva compiti esclusivi in materia di polizia municipale e rurale e l'altro assisteva il sindaco nelle sue mansioni.

Con la legge del Regno di Napoli 18 ottobre 1806 n. 211 fu regolata in maniera più organica e compiuta la normativa sulla formazione dei consigli provinciali e distrettuali e del decurionato; quest'ultimo in particolare ricevette una sanzione giuridica definitiva quale organo collegiale deliberativo presieduto dal sindaco. I decurioni erano estratti a sorte tra i cittadini con una rendita di 24 ducati per i comuni con una popolazione inferiore ai 3000 abitanti, di 48 ducati per i comuni con un numero di abitanti compreso fra i 3000 e i 6000, e di 96 ducati per i comuni con una popolazione superiore ai 6000 abitanti. Anche il numero dei decurioni era stabilito sulla base della densità demografica dei comuni, rappresentati da 10 o da 30 decurioni a seconda che la popolazione fosse inferiore o superiore ai 3000 abitanti.

La legge del Regno di Napoli 20 maggio 1808 n. 146 riformò il sistema di elezione degli organi rappresentativi dei comuni. Le liste degli eleggibili alle cariche di decurioni, sindaci ed eletti - cui poteva accedere, oltre ai possidenti con una rendita annua non inferiore a 24 ducati, anche chi esercitasse una professione nelle arti liberali - erano compilate ogni quattro anni dai sottointendenti e, dopo la revisione da parte degli intendenti, erano pubblicate e affisse nei rispettivi comuni. Per le università i cui stati discussi erano approvati dal ministro dell'Interno, i decurioni erano nominati dal re su una terna di soggetti eleggibili presentata dall'intendente; per gli altri comuni la scelta ricadeva direttamente sugli intendenti dietro parere dei sottointendenti, con una preferenza nei confronti dei proprietari. I comuni riuniti erano costituiti da un solo decurionato, la cui composizione doveva comunque garantire un numero di rappresentanti proporzionato alla popolazione di ciascuna università. Il sindaco presiedeva di diritto il decurionato, ma era sostituito dal decurione più anziano durante la discussione dei conti che era tenuto annualmente a presentare; in caso di assenza del sindaco, la sessione era presieduta dall'eletto incaricato di assisterlo nelle sue mansioni. Il decurionato non poteva deliberare se non in presenza di almeno i due terzi dei suoi membri, convocati dal sindaco autonomamente in sessione ordinaria e su istanza dell'intendente in sessione straordinaria. Gli oggetti delle discussioni erano proposti dal sindaco di concerto con due membri designati annualmente dal consiglio decurionale; le discussioni e le deliberazioni erano tenute a porte chiuse e a voti palesi. La funzione di segretario era demandata ad uno dei decurioni a scelta; questi era incaricato di compilare e custodire il registro delle deliberazioni, ognuna delle quali doveva essere sottoscritta dai membri che l'avevano adottata; l'estratto conforme era invece firmato solo dal presidente e dal segretario. L'intendente aveva la facoltà di modificare o annullare le deliberazioni del decurionato qualora fossero in contrasto con la normativa vigente; in caso di approvazione, il sindaco era tenuto a garantire l'immediata e regolare esecuzione delle deliberazioni.
L'elezione del sindaco e degli eletti era delegata agli intendenti nei comuni minori, e al re nei comuni maggiori, su una terna di soggetti eleggibili presentata dal decurionato e munita del parere degli intendenti nel primo caso e dei sottointendenti nel secondo caso. Qualora più università fossero collegate da interessi comuni, i rispettivi sindaci avevano l'obbligo di riunirsi in periodi prefissati presso il sottointendente del distretto, per discutere e deliberare gli affari generali.
Il decreto del Regno di Napoli 4 maggio 1811 n. 922, disposto da Giuseppe Napoleone per fissare la nuova circoscrizione delle province del Regno, rappresentò il primo compimento della legge 8 agosto 1806 n. 132: il decreto stabilì infatti il numero e la ripartizione amministrativa dei singoli comuni, con l'indicazione delle eventuali frazioni, nell'ambito dei circondari, dei distretti e delle province.
Ai sensi del decreto 23 maggio 1808 n. 154, che introduceva una nuova organizzazione giudiziaria nel Regno, i comuni furono autorizzati a istituire appositi uffici con giurisdizione limitata al territorio di pertinenza e con competenze in materia di tutela dell'ordine pubblico interno (polizia municipale) e di salvaguardia della sicurezza delle campagne (polizia rurale). Le sanzioni comminate dalla polizia municipale, che variavano da un'ammenda minima di sei ducati alla detenzione per un periodo non superiore a tre giorni, erano fissate nei regolamenti del corpo compilati e pubblicati dalla polizia amministrativa; la vigilanza sull'attuazione di tali regolamenti e l'esecuzione delle pene erano affidate al giudice di pace presente in ogni distretto.