Nel 1464 l'Universitas di Oria, insieme alle comunità di Torre e di Avetrana, rivolsero una supplica al re Ferdinando I chiedendo tra l'altro il ripristino dei privilegi concessi dal principe di Taranto Giovanni Antonio del Balzo Orsini e annullati dopo l'avvento dell'Aragonese, il diritto di affidare annualmente incarichi pubblici ai cittadini scelti dall'Universitas e di giudicare in loco coloro che avessero commesso dei reati, il divieto di appartenenza al clero del "maestro d'atti" del "capitano" e della "bagliva", l'annullamento dei debiti contratti dagli abitanti e l'affrancamento dei pagamenti fiscali per dieci anni. A queste richieste Ferdinando I rispose vendendo nello stesso anno a Raffaele Guarini, rappresentante di una nobile famiglia di Lecce, il territorio di Torre Santa Susanna che comprendeva anche il Galasano e San Pancrazio. La vendita generò una serie di dispute tra i nuovi baroni e l'Universitas di Oria, privata del diritto di riscuotere le tasse dagli abitanti del casale e di esercitare gli antichi diritti di giurisdizione su un'entità amministrativa ormai autonoma. L'Universitas di Torre Santa Susanna, proposta già nel 1550, nacque ufficialmente e formalmente nel 1564 con tutte le cariche comunali previste da tale istituzione affiancate da rappresentanti dell'autorità regia (il capitano, i baglivi, il mastrogiurato): essa era retta dal sindaco che, affiancato da due auditori, componeva il Consiglio con attribuzioni esclusivamente fiscali e civili; i decurioni erano tenuti a rappresentare l'Universitas e a nominare le altre cariche; i camerlenghi avevano il compito di custodire le carceri e di amministrare la giustizia durante le fiere; i giudici della Bagliva notificavano ai baglivi le liti derivanti dai danneggiamenti alle campagne; i catapani verificavano il computo dei pesi e delle misure e comminavano le relative pene ai trasgressori; i deputati del Ristretto tutelavano l'oliveto e le colture vigilando sull'applicazione del divieto di pascolo intorno all'abitato; il consultore o giudice della Corte locale coadiuvava il capitano nelle sue mansioni.
I primi sindaci dell'Universitas, ultimata la costruzione di una nuova chiesa più centrale intitolata a S. Nicola, provvidero alla costruzione nelle immediate vicinanze della "casa comunale" e dell'archivio, che furono i primi edifici pubblici della comunità insieme al carcere civile e del criminale.
Nel 1504 il feudo di Torre Santa Susanna fu espropriato ai baroni Geronimo e Domizio Guarini, colpevoli di essersi schierati contro gli Spagnoli di Ferdinando il Cattolico, e fu prima incamerato dal Regno per essere ceduto nel 1529 dal luogotenente generale cardinale Colonna al nobile di Acquarica Luzio Paleano o Palagano.
Nonostante gli effetti del malgoverno vicereale nel Mezzogiorno, l'Universitas conobbe nel XVI sec. un graduale sviluppo demografico e conseguentemente urbanistico: nel 1545 essa contava 500 abitanti, raggiungendo i 600 cittadini nel 1561 e 750 nel 1595.
Nel 1588 il feudo fu acquistato dalla nobile famiglia dei Dormio, consentendogli di passare sotto l'influenza della vicina Mesagne interessata in quel periodo da una rapida crescita economica. Alla baronia dei Dormio succedette nel XVII sec. quella degli Albricci originari di Como, che acquistarono la signoria di Torre Santa Susanna, San Biagio, Crepacore, Sorboli e Galasano. Nel 1632 il feudo fu venduto da Giovanni Antonio III Albricci a Domenico Lubrano duca di Ceglie Messapica; il figlio Antonio, divenuto marchese di Torre Santa Susanna, nel 1660 cedette il suo possedimento al principe di Mesagne Carmine De Angelis. A causa dei numerosi debiti contratti, nel 1722 questi fu costretto ad alienare il feudo al conte Pietro Aurelio Filo di Altamura che ne aveva sposato la figlia Eleonora.
Di origine greca, la famiglia Filo fu onorata con titoli, privilegi e ordini cavallereschi e investita di numerosi feudi. Uno dei suoi discendenti, Massenzio Filo junior, governò Torre Santa Susanna fino al 1806 quando, con la legge del Regno di Napoli del 2 agosto n. 130, fu abolito il sistema feudale e tutte le sue attribuzioni.
La legge 8 agosto 1806 n. 132 produsse importanti innovazioni nell'amministrazione del Regno, dividendo il territorio in province e distretti, nell'ambito dei quali furono ripartiti i comuni. Il decreto del Regno di Napoli 4 maggio 1811 n. 922, emanato da Giuseppe Napoleone per fissare la circoscrizione delle province napoletane, incluse il comune di Torre Santa Susanna, insieme alla frazione di San Pancrazio, nel distretto di Mesagne in provincia di Terra d'Otranto.
Nel decreto del Regno delle Due Sicilie 1 maggio 1816 n. 360 Torre, che contava allora 1469 abitanti ed era classificata tra i comuni di terza classe, ossia quelli con una popolazione inferiore ai 3000 abitanti, rientrò nel circondario di Oria, distretto di Brindisi, in provincia di Terra d'Otranto.
L'operato degli organi amministrativi di Torre Santa Susanna era sottoposto allo stretto controllo dell'intendente della provincia di Terra d'Otranto sotto gli ordini del ministro dell'Interno; con poteri più limitati, l'attività di vigilanza era esercitata anche dal sottointendente del distretto di Brindisi.
Con decreto 17 dicembre 1838 n. 4997 la frazione di San Pancrazio ottenne l'autonomia dal comune di Torre Santa Susanna.
In seguito all'adozione dell'ordinamento comunale fascista disposta, per i comuni con popolazione fino a 5000 abitanti, con legge 4 febbraio 1926 n. 237, estesa poi a tutti i comuni con legge 3 settembre 1926 n. 1910, il comune di Torre fu amministrato da un podestà di nomina regia che ereditò le competenze esercitate dal consiglio, dalla giunta e dal sindaco. Con la caduta del fascismo e l'emanazione del regio decreto legge 4 aprile 1944 n. 111, presso il comune furono ripristinati gli organi del sindaco e della giunta riservandone la nomina al prefetto della provincia di Lecce; ai sensi del decreto legislativo luogotenenziale 7 gennaio 1946 n. 1 si insediò anche il consiglio comunale e si ristabilì il sistema elettivo e di nomina dei tre organi vigente prima del 1926.
Secondo il disposto della legge 8 giugno 1990 n. 142, il comune di Torre ha sancito la propria autonomia regolamentare dotandosi di uno statuto, acquisito in data posteriore all'emanazione della legge 3 agosto 1999 n. 265 (Disposizioni in materia di autonomia e ordinamento degli enti locali), approvato con delibere consiliari n. 42 del 12 dicembre 2000 e n. 2 del 2 febbraio 2001 e pubblicato sul Bollettino ufficiale della Regione Puglia n. 80 del 1 giugno 2001. Ai sensi della legge 25 marzo 1993 n. 81, il sindaco di Torre è eletto direttamente dai cittadini e nomina i membri della giunta municipale.
Nel 2001 la popolazione residente nel Comune ammontava a 10614 abitanti (ISTAT, 14° censimento della popolazione e delle abitazioni, 21 ottobre 2001).
Attualmente la cittadina fa parte della diocesi e del mandamento giudiziario ed amministrativo di Oria.