Il decreto del Regno di Napoli 4 maggio 1811 n. 922, emanato da Giuseppe Napoleone per fissare la circoscrizione delle province napoletane, incluse il comune di San Paolo, che era nel contempo capoluogo dell'omonimo circondario, nel distretto di San Severo in provincia di Capitanata. Nel 1812 una commissione appositamente istituita ampliò sensibilmente i confini territoriali del comune assegnandogli parte del comprensorio dell'agro consistente in circa 2000 ettari. Nel decreto del Regno delle due Sicilie 1 maggio 1816 n. 360 il comune di San Paolo, che contava allora 2807 abitanti, era annoverato con la stessa circoscrizione amministrativa risultante dal decreto del 1811 ed era classificato tra i comuni di terza classe, ossia quelli con una popolazione inferiore ai 3000 abitanti; il suo circondario comprendeva anche il comune di Torremaggiore e quello di Lesina con la frazione di Poggio Imperiale. L'operato degli organi amministrativi di San Paolo era sottoposto allo stretto controllo dell'intendente della provincia di Capitanata sotto gli ordini del ministro dell'Interno; con poteri più limitati, l'attività di vigilanza era esercitata anche dal sottointendente del distretto di San Severo. Con decreto del Regno d'Italia 26 ottobre 1862 n. 972 il comune assunse l'attuale denominazione di "San Paolo di Civitate" (F. Assante, "Città e campagne nella Puglia del secolo XIX", in Quaderni Internazionali di Storia Economica e Sociale, Genève, Librairie Droz, 1975, p. 342).
Il censimento ufficiale del 1881 assegnò a San Paolo di Civitate una popolazione di 2698 abitanti, giungendo a 3962 nell'arco di venti anni (censimento 1901).
In seguito all'adozione dell'ordinamento comunale fascista disposta, per i comuni con popolazione fino a 5000 abitanti, con legge 4 febbraio 1926 n. 237, estesa poi a tutti i comuni con legge 3 settembre 1926 n. 1910, il comune di San Paolo di Civitate fu amministrato da un podestà di nomina regia che ereditò le competenze esercitate dal consiglio, dalla giunta e dal sindaco. Con la caduta del fascismo e l'emanazione del regio decreto legge 4 aprile 1944 n. 111, presso il comune furono ripristinati gli organi del sindaco e della giunta riservandone la nomina al prefetto della provincia di Foggia; ai sensi del decreto legislativo luogotenenziale 7 gennaio 1946 n. 1 si insediò anche il consiglio comunale e si ristabilì il sistema elettivo e di nomina dei tre organi vigente prima del 1926.
Secondo il disposto della legge 8 giugno 1990 n. 142, il comune di San Paolo di Civitate ha sancito la propria autonomia regolamentare dotandosi di uno statuto, pubblicato nel Bollettino ufficiale della Regione Puglia n. 54 del 18 marzo 1992 e modificato ai sensi della delibera del consiglio comunale n. 38 del 29 giugno 1994. In seguito all'emanazione della legge 25 marzo 1993 n. 81, il sindaco di San Paolo di Civitate è eletto direttamente dai cittadini e nomina i membri della giunta municipale.
Attualmente la popolazione residente nel comune ammonta a circa 6150 abitanti.