Ai sensi della legge 8 agosto 1806 n. 132, sostanzialmente riconfermata dopo la restaurazione borbonica con la legge del Regno delle due Sicilie 12 dicembre 1816 n. 570, il Regno di Napoli fu suddiviso in tredici province ripartite in distretti, all'interno dei quali furono collocate le università. La legge definì contestualmente le competenze istituzionali del nascente comune: nell'ambito di una struttura gerarchica e centralizzata, il nuovo ente fu sottoposto al controllo degli intendenti provinciali, dipendenti a loro volta dal ministro dell'Interno. L'amministrazione del comune di San Giorgio Jonico fu affidata a un sindaco titolare del potere esecutivo, a un "primo eletto" responsabile della polizia amministrativa, a un "secondo eletto" che assisteva il sindaco nelle sue funzioni, e al Decurionato, organo in cui risiedeva la rappresentanza comunale e che era incaricato della nomina del sindaco, degli eletti e di ogni agente o impiegato municipale.
Con decreto 4 maggio 1811 n. 922, disposto da Giuseppe Napoleone per definire la nuova circoscrizione delle province del Regno di Napoli, il comune, allora designato come "San Giorgio" senza ulteriori specificazioni, divenne sede di circondario nel distretto di Taranto, all'interno della provincia di Terra d'Otranto. Nel successivo decreto del Regno delle due Sicilie 1 maggio 1816 n. 360 il comune contava 1571 abitanti ed era annoverato con la stessa circoscrizione amministrativa. In qualità di capoluogo di circondario, presso il comune di San Giorgio avevano sede l'ufficio del Giudice regio e le carceri circondariali. L'operato degli organi amministrativi del comune fu sottoposto allo stretto controllo dell'intendente della provincia di Terra d'Otranto sotto gli ordini del ministro dell'Interno; con poteri più circoscritti, l'attività di vigilanza era esercitata anche dal sottointendente del distretto di Taranto.
Ai sensi del regio decreto 13 novembre 1862 n. 994, che accolse formalmente la proposta già approvata dal Consiglio comunale di San Giorgio nella seduta del 27 settembre 1862, il comune assunse la denominazione di "San Giorgio sotto Taranto". La legge comunale e provinciale 20 marzo 1865 n. 2248 all. A ripartì il Regno d'Italia in province, circondari (già distretti), mandamenti (già circondari) e comuni, per cui il distretto di Taranto divenne circondario; presso ogni comune furono istituiti, quali organi rappresentativi e deliberativi sostitutivi del Decurionato, un Consiglio comunale e una Giunta municipale, che affiancarono il sindaco nell'amministrazione cittadina. La nomina dei consiglieri comunali avveniva tramite il sistema elettivo, mentre gli assessori erano eletti in seno al consiglio comunale. Il sindaco era scelto tra i consiglieri e la sua nomina avveniva per decreto reale; dopo l'approvazione del regio decreto 4 maggio 1898 n. 164, la sua elezione fu demandata al Consiglio comunale. La vigilanza sull'operato degli organi del Comune di San Giorgio sotto Taranto fu demandata al sottoprefetto del circondario di Taranto sotto la direzione del prefetto della provincia di Terra d'Otranto, a sua volta dipendente dal ministro dell'Interno. Con decreto del Regno d'Italia 2 settembre 1923 n. 1911 fu istituita la Provincia di Taranto cui furono annessi tutti i comuni fino ad allora inclusi nell'omonimo circondario, tra i quali il comune di San Giorgio sotto Taranto. In seguito all'adozione dell'ordinamento comunale fascista disposta, per i comuni con popolazione fino a 5000 abitanti, con legge 4 febbraio 1926 n. 237, estesa a tutti i comuni con legge 3 settembre 1926 n. 1910, il comune di San Giorgio sotto Taranto fu amministrato da un podestà di nomina regia.
Ai sensi del decreto 27 ottobre 1926 n. 1955 il comune assunse l'attuale denominazione di San Giorgio Jonico. Con il crollo del fascismo e l'emanazione del regio decreto legge 4 aprile 1944 n. 111, presso il comune di San Giorgio Jonico furono ripristinati gli organi del sindaco e della Giunta riservandone la nomina al prefetto della provincia di Taranto; ai sensi del decreto legislativo luogotenenziale 7 gennaio 1946 n. 1 si insediò anche il Consiglio comunale e fu ristabilito il sistema elettivo e di nomina dei tre organi vigente prima del 1926. Nel 1991 la popolazione residente nel comune di San Giorgio Jonico ammontava a 16081 abitanti (censimento 1991).