Ai sensi della legge 8 agosto 1806 n. 132 il comune di Maruggio fu amministrato da un sindaco titolare del potere esecutivo, da un numero variabile di "eletti" e dal decurionato, organo in cui risiedeva la rappresentanza comunale. Il decreto del Regno di Napoli 4 maggio 1811 n. 922, emanato da Giuseppe Napoleone per fissare la circoscrizione delle province napoletane, incluse il comune di Maruggio nel circondario di Manduria (che comprendeva inoltre il comune di Avetrana e quello di Manduria con la frazione di Uggiano Montefusco), all'interno del distretto di Taranto in provincia di Terra d'Otranto. Nel successivo decreto del Regno delle due Sicilie 1 maggio 1816 n. 360 Maruggio era annoverato con la stessa circoscrizione amministrativa ed era classificato tra i comuni di terza classe, ossia quelli con una popolazione inferiore ai 3000 abitanti, contando in quell'anno 1050 abitanti. La riforma delle magistrature e degli organi di governo avviata dalla legge 8 agosto 1806 n. 132 fu sostanzialmente riconfermata dopo la restaurazione borbonica con la legge del Regno delle due Sicilie 12 dicembre 1816 n. 570. L'operato degli organi amministrativi del comune di Maruggio fu sottoposto allo stretto controllo dell'intendente della provincia di Terra d'Otranto sotto gli ordini del ministro dell'Interno; con poteri più limitati, l'attività di vigilanza era esercitata anche dal sottointendente del distretto di Taranto.
Con la legge comunale e provinciale 20 marzo 1865 n. 2248 all. A il Regno d'Italia fu ripartito in province, circondari (già distretti), mandamenti (già circondari) e comuni, e il distretto di Taranto divenne circondario. Secondo il disposto della legge il decurionato di Maruggio fu sostituito dagli organi rappresentativi e deliberativi del consiglio comunale e della giunta municipale, che affiancarono il sindaco nell'amministrazione cittadina. Con decreto del Regno d'Italia 2 settembre 1923 n. 1911 fu istituita la provincia di Taranto cui furono annessi tutti i comuni fino ad allora inclusi nell'omonimo circondario, tra i quali il comune di Maruggio.
In seguito all'adozione dell'ordinamento comunale fascista disposta, per i comuni con popolazione fino a 5000 abitanti, con legge 4 febbraio 1926 n. 237, estesa poi a tutti i comuni con legge 3 settembre 1926 n. 1910, il comune di Maruggio fu amministrato da un podestà di nomina regia che ereditò le competenze esercitate dal consiglio, dalla giunta e dal sindaco. Il primo podestà di Maruggio fu Pietro Filotico, sotto la cui amministrazione fu redatto il regolamento edilizio, sottoscritto dal podestà in data 21 ottobre 1927, e il regolamento di polizia urbana, approvato con delibera n. 330 del 10 gennaio 1930 (E. Filomena, op. cit., pp. 195 e 277, da documenti conservati rispettivamente presso l'ufficio di polizia municipale di Maruggio e l'archivio del Comando di polizia municipale]. Con la caduta del fascismo e l'emanazione del regio decreto legge 4 aprile 1944 n. 111, presso il comune furono ripristinati gli organi del sindaco e della giunta riservandone la nomina al prefetto della provincia di Taranto; ai sensi del decreto legislativo luogotenenziale 7 gennaio 1946 n. 1 si insediò anche il consiglio comunale e si ristabilì il sistema elettivo e di nomina dei tre organi vigente prima del 1926.
In seguito all'emanazione della legge 25 marzo 1993 n. 81, il sindaco di Maruggio è eletto direttamente dai cittadini e nomina i membri della giunta municipale.