Lo statuto fu riformato dal vescovo mons. Luciano de Rossi, che il 26 febbraio 1584 emanò alcune disposizioni sull'elezione dei sindaci e degli altri ufficiali dell'università contenute nello "Statuto pel governo municipale della città de Giovenazzo" (M. Bonserio, "Le conclusioni" cit., p. 8, n. 2 e pp. 253-6). Le disposizioni assegnavano la nomina degli amministratori dell'università a quattro elettori, selezionati attraverso un complesso procedimento in modo da rappresentare equamente i ceti dei nobili e dei popolari e da evitare ogni legame di parentela con i candidati; la scelta dei quattro elettori era sottoposta all'approvazione dei 36 consiglieri o decurioni in carica, e in caso di parità al governatore era riservato il diritto, esprimendo la propria preferenza, di ratificare i nomi in ballottaggio o di respingerli, e in tal caso si procedeva a una nuova votazione. La rosa dei candidati era fortemente limitata da una serie di norme restrittive: i precedenti amministratori non potevano concorrere alla stessa carica prima di due anni e a un ufficio diverso prima di un anno; i consiglieri o decurioni non potevano essere riconfermati nell'anno seguente alla loro elezione né potevano candidarsi ad altre cariche. Le stesse restrizioni erano applicate per la nomina dei razionali e dei sindacatori, incaricati di esaminare il saldo dei debiti e crediti dell'università e di richiedere l'incameramento dei beni degli amministratori, al termine del loro mandato, in caso di irregolarità contabili (M. Bonserio, "Le conclusioni" cit., pp. 253-6).
L'organizzazione amministrativa dell'università di Giovenazzo fu regolata dallo Statuto compilato dal vescovo de Rossi fino al 1759, quando, con decreto della Real camera di Santa Chiara di Napoli emanato l'11 luglio, fu riformato il sistema di elezione del decurionato in relazione a una maggiore articolazione delle classi sociali: accanto ai nobili (1° ceto) e ai popolani (3° ceto) fu riconosciuta l'esistenza di una classe intermedia detta dei "civili" o "mediani" (2° ceto). Il numero dei decurioni, ridotto da 36 a 30, fu equamente ripartito in modo da rappresentare le tre classi (10 decurioni provenienti da ogni ceto), mentre la durata del loro mandato, precedentemente annuale, fu estesa a cinque anni (M. Bonserio, "Le conclusioni" cit., p. 256, n. 1).
Negli anni successivi l'università trasse profitto dalla fase di transizione che in tutto il Regno di Napoli determinò il passaggio dal sistema feudale al nuovo indirizzo amministrativo del comune. La legge del Regno di Napoli 2 agosto 1806 n. 130, emanata da Giuseppe Napoleone, abolì definitivamente la feudalità; la legge 8 agosto 1806 n. 132 produsse importanti innovazioni nell'amministrazione del Regno, dividendo il territorio in province e distretti, nell'ambito dei quali furono ripartiti i comuni. Ai sensi del decreto del Regno di Napoli 4 maggio 1811 n. 922, che stabilì la circoscrizione delle province napoletane, il comune di Giovenazzo risultava capoluogo di circondario ed era incluso nel distretto di Bari in provincia di Terra di Bari. Nel decreto del Regno delle due Sicilie 1 maggio 1816 n. 360 il comune, che aveva ormai assunto l'attuale denominazione e contava allora 5678 abitanti, era annoverato con la stessa circoscrizione amministrativa risultante dal precedente decreto ed era classificato tra i comuni di seconda classe, ossia quelli con una popolazione compresa fra i 3000 e i 6000 abitanti. In qualità di capoluogo di circondario, presso il comune avevano sede l'ufficio del Giudice regio e le carceri circondariali. L'operato degli organi amministrativi di Giovinazzo era sottoposto allo stretto controllo dell'intendente della provincia di Terra di Bari sotto gli ordini del ministro dell'Interno; con poteri più limitati, l'attività di vigilanza era esercitata anche dal sottointendente del distretto di Bari.
Il 27 giugno 1818, in seguito a una disposizione di papa Pio VII, la diocesi ecclesiastica di Giovinazzo fu unita a Molfetta e Terlizzi.
In seguito all'adozione dell'ordinamento comunale fascista disposta, per i comuni con popolazione fino a 5000 abitanti, con legge 4 febbraio 1926 n. 237, estesa poi a tutti i comuni con legge 3 settembre 1926 n. 1910, il comune di Giovinazzo fu amministrato da un podestà di nomina regia che ereditò le competenze esercitate dal consiglio, dalla giunta e dal sindaco. Con la caduta del fascismo e l'emanazione del regio decreto legge 4 aprile 1944 n. 111, presso il comune furono ripristinati gli organi del sindaco e della giunta riservandone la nomina al prefetto della provincia di Bari; ai sensi del decreto legislativo luogotenenziale 7 gennaio 1946 n. 1 si insediò anche il consiglio comunale e si ristabilì il sistema elettivo e di nomina dei tre organi vigente prima del 1926.
Secondo il disposto della legge 8 giugno 1990 n. 142, il comune di Giovinazzo ha sancito la propria autonomia regolamentare dotandosi di uno statuto, pubblicato nel Bollettino ufficiale della Regione Puglia n. 61 suppl. del 27 marzo 1992 e modificato con delibera del consiglio comunale n. 80 del 22 dicembre 2005. In seguito all'emanazione della legge 25 marzo 1993 n. 81, il sindaco di Giovinazzo è eletto direttamente dai cittadini e nomina i membri della giunta municipale. Nello stesso anno la popolazione residente nel comune ammontava a 19000 abitanti.