Negli anni successivi l'università di Fasano visse la fase di transizione che in tutto il Regno di Napoli determinò il passaggio dal sistema feudale al nuovo indirizzo amministrativo del comune. La legge del Regno di Napoli 2 agosto 1806 n. 130, emanata da Giuseppe Napoleone, abolì definitivamente la feudalità e tutte le sue attribuzioni. Con la successiva legge 8 agosto 1806 n. 132 furono istituite tredici province ripartite in distretti, nell'ambito dei quali furono collocate le università. Nell'ottica di una struttura amministrativa centralizzata, i "comuni", termine introdotto proprio con questa legge ancora in alternanza con la denominazione "università", furono sottoposti alla tutela degli intendenti provinciali, dipendenti a loro volta dal ministro dell'Interno. L'amministrazione del comune di Fasano fu affidata a un sindaco titolare del potere esecutivo, a un "primo eletto" responsabile della polizia amministrativa, a un "secondo eletto" che assisteva il sindaco nelle sue funzioni e lo sostituiva in caso di assenza o di impedimento, e al decurionato, organo in cui risiedeva la rappresentanza comunale e che era incaricato della nomina del sindaco, degli eletti, del cancelliere archiviario, del cassiere e di ogni altro agente o impiegato municipale. Con decreto del Regno di Napoli 4 maggio 1811 n. 922 il comune di Fasano rientrò nel distretto di Bari nell'ambito della provincia di Bari. Nel decreto del Regno delle due Sicilie 1 maggio 1816 n. 360 il comune, che allora contava 8887 abitanti, risultò incluso nella stessa circoscrizione amministrativa. L'operato degli organi amministrativi del comune di Fasano fu sottoposto allo stretto controllo dell'intendente della provincia di Bari sotto gli ordini del ministro dell'Interno; con poteri più circoscritti, l'attività di vigilanza era esercitata anche dal sottointendente del distretto di Bari. Con la legge comunale e provinciale 20 marzo 1865 n. 2248 all. A il Regno d'Italia fu ripartito in province, circondari (già distretti), mandamenti (già circondari) e comuni. La stessa legge istituì presso ogni comune, quali organi rappresentativi e deliberativi sostitutivi del decurionato, un consiglio comunale e una giunta municipale, che affiancarono il sindaco nell'amministrazione cittadina. La nomina dei consiglieri comunali avveniva tramite il sistema elettivo, e la maggior parte degli aventi diritto al voto poteva nel contempo concorrere a tale carica, mentre gli assessori erano eletti in seno al consiglio comunale. Il sindaco era scelto tra i consiglieri e la sua nomina avveniva per decreto reale; dopo l'approvazione del regio decreto 4 maggio 1898 n. 164, la sua elezione fu demandata al consiglio comunale. La vigilanza sull'operato degli organi del comune di Fasano fu demandata al sottoprefetto del circondario di Bari sotto la direzione del prefetto della provincia di Bari, a sua volta dipendente dal ministro dell'Interno. In seguito all'adozione dell'ordinamento comunale fascista disposta, per i comuni con popolazione fino a 5000 abitanti, con legge 4 febbraio 1926 n. 237, estesa poi a tutti i comuni con legge 3 settembre 1926 n. 1910, il comune di Fasano fu amministrato da un podestà di nomina regia che ereditò le competenze esercitate dal consiglio, dalla giunta e dal sindaco. Ai sensi del regio decreto legislativo 2 gennaio 1927 n. 1 furono soppresse tutte le circoscrizioni circondariali e l'intero territorio del Regno fu ripartito in 92 circoscrizioni provinciali: nello specifico, il decreto istituì la provincia di Brindisi cui furono annessi, oltre ai comuni fino ad allora inclusi nell'omonimo circondario, i comuni di Cisternino e Fasano distaccati dalla provincia di Bari. Con il crollo del fascismo e l'emanazione del regio decreto legge 4 aprile 1944 n. 111, presso il comune di Fasano furono ripristinati gli organi del sindaco e della giunta riservandone la nomina al prefetto della provincia di Brindisi; ai sensi del decreto legislativo luogotenenziale 7 gennaio 1946 n. 1 si insediò anche il consiglio comunale e fu ripristinato il sistema elettivo e di nomina dei tre organi vigente prima del 1926. Nel 1991 la popolazione residente nel comune di Fasano ammontava a 38782 abitanti (censimento 1991).