Nel frattempo, con la legge 8 agosto 1806 n. 132, la dominazione francese aveva introdotto importanti innovazioni nell'indirizzo amministrativo dei comuni e nella ripartizione territoriale del Regno di Napoli, suddiviso in province, distretti e comuni. La definizione del numero e della circoscrizione amministrativa dei singoli comuni fu stabilita dal decreto del Regno di Napoli 4 maggio 1811 n. 922, in virtù del quale Cerignola risultava capoluogo dell'omonimo circondario, comprendente anche la frazione di Tressanti, ed era incluso nel distretto di Foggia in provincia di Capitanata.
Nel successivo decreto del Regno delle due Sicilie 1 maggio 1816 n. 360, Cerignola era ancora annoverato come capoluogo dell'omonimo circondario e con la stessa circoscrizione amministrativa risultante dal precedente decreto; poiché il comune contava allora una popolazione di 9454 abitanti, che includendo la frazione di Tressanti giungeva a 10126 abitanti, era classificato tra i comuni di prima classe, ossia quelli con una popolazione pari o superiore ai 6000 abitanti. In qualità di capoluogo di circondario, presso il comune avevano sede l'ufficio del Giudice regio e le carceri circondariali. L'operato degli organi amministrativi di Cerignola era sottoposto allo stretto controllo dell'intendente della provincia di Capitanata sotto gli ordini del ministro dell'Interno; con poteri più circoscritti, l'attività di vigilanza era esercitata anche dal sottointendente del distretto di Foggia.
In seguito all'adozione dell'ordinamento comunale fascista disposta, per i comuni con popolazione fino a 5000 abitanti, con legge 4 febbraio 1926 n. 237, estesa poi a tutti i comuni con legge 3 settembre 1926 n. 1910, il comune di Cerignola fu amministrato da un podestà di nomina regia che ereditò le competenze esercitate dal consiglio, dalla giunta e dal sindaco. Con la caduta del fascismo e l'emanazione del regio decreto legge 4 aprile 1944 n. 111, presso il comune furono ripristinati gli organi del sindaco e della giunta riservandone la nomina al prefetto della provincia di Foggia; ai sensi del decreto legislativo luogotenenziale 7 gennaio 1946 n. 1 si insediò anche il consiglio comunale e si ristabilì il sistema elettivo e di nomina dei tre organi vigente prima del 1926.
Secondo il disposto della legge 8 giugno 1990 n. 142, il comune di Cerignola ha sancito la propria autonomia regolamentare dotandosi di uno statuto, pubblicato nel Bollettino ufficiale della Regione Puglia n. 91 del 12 maggio 1992; modifiche allo statuto sono state pubblicate nel Bollettino ufficiale della Regione Puglia n 63 suppl. del 15 aprile 1994. In seguito all'emanazione della legge 25 marzo 1993 n. 81, il sindaco di Cerignola è eletto direttamente dai cittadini e nomina i membri della giunta municipale.
Al 31 agosto 1996 la popolazione residente nel comune ammonta a 55.853 abitanti.