Fino alla definitiva dedizione alla Repubblica di Venezia nel 1389, Conegliano resta legata a Treviso con successivi abbandoni e nuove sottomissioni, alternati a parentesi con Padova, Ezzelini, Caminesi, Goriziani e Scaligeri, patriarcato di Aquileia, Ungheresi, Austriaci e Carraresi.
La Serenissima assicurò la pace fino al 1797 e Conegliano conobbe prosperità nell'agricoltura, l'artigianato e il commercio nelle fiere e nei mercati fuori le mura.
La caduta di Venezia fu accolta ugualmente come una liberazione, e acclamato l'arrivo dei Francesi. L'istituzione della Municipalità provvisoria il 2 luglio 1797 durò pochi mesi; con l'inizio della dominazione austriaca si ripristinano le autorità amministrative del 1796. La successiva riorganizzazione austriaca del 1803 mise Conegliano alle dipendenze del capitano provinciale di Treviso, e durò circa tre anni.
Sotto il Regno d'Italia napoleonico, la seconda e terza dominazione austriaca, dopo la parentesi del Governo provvisorio (1848), il sistema amministrativo rimase sostanzialmente stabile e uniforme: Conegliano venne classificato come Comune di II classe.
Il XIX secolo è un periodo di ricostruzione e ammodernamento, che porta al declino dell'aristocrazia agraria in favore dello sviluppo del ceto commerciale. Si aprono importanti strade e viene costruita la linea ferroviaria per Udine, che però tende a isolare il vecchio centro storico. Nel 1864, per risollevare l'agricoltura, si fonda la Scuola Agraria delle province venete e nel 1877 la Scuola di Viticoltura e Enologia.
Il formale passaggio al Regno d'Italia avviene il 19 ottobre 1866, e il Regio Decreto n. 3352 del 2 dicembre 1866 delinea l'organizzazione amministrativa del territorio: il distretto di Conegliano si compone di quattordici comuni.
Durante la Prima Guerra Mondiale Conegliano soffre, in seguito alla disfatta di Caporetto, l'occupazione straniera, che dura quasi un anno (novembre 1917-ottobre 1918).