Nel Trecento, Canaro faceva parte del dominio estense e godeva di una certa prosperità. Nel 1484, con la pace di Bagnolo nella guerra tra Venezia e Ferrara, il confine tra la Serenissima e il Ducato Estense venne posto lungo il canale Poazzo che attraversava il centro abitato; di conseguenza, Canaro fu soggetta alla giurisdizione politico-amministrativa di due Stati: la Repubblica di Venezia e il Ducato di Ferrara fino al 1598, quando ad esso subentrò la Legazione pontificia. Nel repertorio generale del 1769 delle ville e comuni di tutte le province della terraferma, formato sulla documentazione dei Deputati e aggiunti alla provvision del denaro pubblico, Canaro è riportato tra le comunità del territorio di Rovigo.
L'arrivo delle truppe napoleoniche, tra 1796 e 1797, determinò il passaggio di Rovigo con il Polesine e della Transpadana alla Repubblica francese. Con la seduta del Gran Consiglio del 26 maggio 1798, il territorio facente capo al Dipartimento del Basso Po venne riorganizzato creando il Comune di Poazzo, comprendente Canaro, che in una successiva ridefinizione territoriale rientrò nel distretto del Canal Bianco con capoluogo Occhiobello. Con la legge emanata dalla Consulta legislativa del 23 fiorile anno IX repubblicano (1800), che divise la Repubblica in 12 dipartimenti e questi in distretti, Canaro fu compresa nel dipartimento del Basso Po con capoluogo Ferrara, distretto I con medesimo capoluogo. Con il decreto napoleonico sull'amministrazione pubblica e sul comparto territoriale del Regno dell'8 giugno 1805, n. 46 il Comune fu inserito nel dipartimento del Basso Po, distretto I di Ferrara, cantone IV di Fiesso.
Sconfitto definitivamente Napoleone, subentrò la dominazione austriaca e, con la sovrana patente del 7 aprile 1815, che istituì il Regno del Lombardo Veneto, il paese, come Comune di III classe, fu assegnato alla provincia del Polesine, distretto V di Occhiobello. Il successivo compartimento territoriale delle province venete, approvato con sovrana risoluzione dell'8 febbraio 1818, denominò il Comune Canaro Veneto e, con le frazioni di Viezze, Canaro Ferrarese, Paviola e Garofolo, lo fece rientrare nel distretto VII di Polesella. Il nuovo compartimento territoriale delle province venete, pubblicato con dispaccio 40.285/3.94 del 2 novembre 1845, assegnò Canaro,con le frazioni Garofolo, Paviole e Viezze alla provincia di Rovigo, distretto VIII di Polesella. Con la successiva sovrana risoluzione del 28 gennaio 1853, che definì il compartimento territoriale delle province venete, attivato col 1 luglio 1853, Canaro rientrò nel distretto VI di Occhiobello. Tale stato di cose non venne mutato dalla normativa degli anni seguenti, fino alla fine della dominazione austriaca. I territori veneti vennero poi annessi al Regno d'Italia e il Comune entrò a far parte della provincia di Rovigo, con il regio decreto del 13 ottobre 1866 n. 3282, col quale fu pubblicata e messa in vigore nelle province di Venezia e di Mantova la legge elettorale politica del Regno del 17 dicembre 1860 n. 4513.
La grande emigrazione del secondo dopoguerra dimezzò la popolazione del Comune (da 6000 a 3000 abitanti); la decrescita si è attenuata nel corso degli anni Ottanta del Novecento, lasciando spazio progressivamente a una decisa inversione di tendenza.