Soggetta ad un Delegato apostolico ad hoc, ossia il vescovo di Foligno, la Prefettura delle acque era composta di sei funzionari scelti da una apposita lista presentata alla Sacra Congregazione delle acque, tutta di proprietari terrieri adiacenti con i loro beni fondiari ai corsi interessati al controllo, due dei quali obbligatoriamente ecclesiastici e gli altri quattro laici. Costoro, rinnovantisi di biennio in biennio per il 50%, erano coadiuvati nel loro operato, che consisteva nel decidere i necessari interventi di sistemazione e manutenzione dei corsi, da un Segretario “che sia anche notajo” con funzioni specificamente amministrative tra le quali, primaria, la buona tenuta dell’archivio dell’ufficio.
Coll’avvento dell’amministrazione imperiale francese, la Prefettura cambiò nome, divenendo Associazione delle acque di Bevagna; dipendente dalla Viceprefettura di Foligno e dalla Prefettura di Spoleto, era composta da soli quatto membri laici, a causa dell’allontanamento dei rappresentanti ecclesiastici, tra i quali il Maire cittadino che esercitava la funzione di Presidente.
Successivamente, a partire dal 1817, in forza del “Sovrano Motu Proprio del 3 dicembre”, emanato da Pio VII, la Prefettura passò alle dipendenze del Governatore pro tempore, staccandosi dalla giurisdizione del vescovo di Foligno. In tale occasione, i suoi membri tornarono in numero di sei, essendosi reinserita la presenza degli ecclesiastici, e fu confermata l’esistenza di un Suddelegato (da cui anche il nome di Suddelegazione delle acque), che era presente quantomeno dal 1804 prima del dominio francese, con la funzione di Presidente del Consiglio dei sei, di un Cassiere, di un Esattore, cui era demandato il compito di riscuotere le collette (ossia le necessarie somme sotto forma di imposta gravanti su tutti gli adiacenti), di una Guardia dei fiumi e di due Famigli.
Con l’Unità d’Italia la Prefettura delle acque (detta anche Consorzio delle acque di Bevagna), pur mantenendo gli stessi fini istituzionali per cui era sorta, si trasformò in Viceprefettura o Sottoprefettura delle acque alle dipendenze della Prefettura di Spoleto. Da tale periodo cominciò a chiamarsi anche Azienda idraulica in virtù della specificità delle sue funzioni. Particolare importanza venne dedicata alla formazione di un apposito catasto, che doveva servire all’individuazione dei proprietari dei beni fondiari adiacenti ai corsi da tenere sotto controllo per la determinazione della loro quota di imponibile.
La documentazione attesta l'esistenza dell'Azienda idraulica di Bevagna fino al 1977.