Le riunioni successive non furono facili: il CLN lombardo non aveva ne una sede, ne una segreteria, ed i rastrellamenti e la repressione della polizia, oltre agli arresti ai danni dei membri del CLN, costrinsero il Comitato a cercare sempre nuovi luoghi (studi privati, officine, case diroccate, parrocchie, scuole, ed anche il Giardino della Guastalla), perché la lotta doveva continuare, ed era fondamentale riunirsi per deliberare le direttive necessarie agli altri CLN e per contribuire all’elaborazione delle forme e degli organi di governo della nuova democrazia.
I compiti principali del CLN lombardo, infatti, consistevano nell’organizzazione dell’insurrezione nazionale in stretta collaborazione con i comandi regionali e di zona dei Volontari della libertà, nel coordinamento dei CLN provinciali e locali e nella designazione di persone, che dopo la Liberazione, avrebbero ricoperto le principali cariche pubbliche. Nel contempo, teneva i contatti con le organizzazioni di massa, appoggiava i lavoratori, sosteneva i Comitati di agitazione, affrontò sin da subito il problema dell’epurazione istituendo una Commissione centrale, tenne sempre viva l’attività assistenziale (Commissariato assistenza) e creò un’apposita Commissione economica in grado di predisporre le misure necessarie per assicurare l'approvvigionamento della popolazione e la continuità dell’attività produttiva.
Il CLN della Lombardia diresse tutte queste attività sotto la guida e secondo le direttive del CLNAI e, di comune accordo, promosse anche la costituzione di un CLN cittadino; in quanto, a seguito dell’intensificarsi dell’attività resistenziale nelle province, il CLN regionale non fu più in grado di seguire anche il coordinamento dei CLN aziendali, rionali, di categoria e professionali di Milano: nel febbraio 1945 venne costituito il CLN per la città di Milano, al quale, nei primi giorni di aprile del 1945 vennero affidati i CLN locali.
Il 25 aprile il CLNAI proclamò l’inizio dell’insurrezione nazionale ed emanò un decreto nel quale dichiarava l’assunzione di tutti i poteri da parte del CLNAI e dei CLN regionali, provinciali e cittadini.
Alla fine di giugno del 1946 cessarono le attività del CLN regionale Lombardia, che continuò a funzionare unicamente come Ufficio stralcio sino al giugno del 1948, per completare la raccolta di tutti i documenti prodotti dai CLN della Regione: provinciali, comunali, aziendali, di categoria e rionali.