Le procedure usate dall'Inquisizione e da altri giudici per condurre le cause in materia di delitti contro la fede avevano lo scopo di definire il grado di colpevolezza dell'imputato e di stabilire una condanna proporzionata. Erano di tipi diversi e presentavano varianti a seconda che fossero usate nel medioevo, nell'Inquisizione romana o in una delle Inquisizioni iberiche.
Il processo formale
Era il processo per antonomasia e comprendeva nel suo complesso tre fasi non necessariamente sempre presenti: informativa, offensiva, difensiva. Poteva iniziare per accusa (secondo il diritto romano, ma era una possibilità solo teorica), denuncia (scritta o orale), d'ufficio. Seguivano le deposizioni dei testimoni. Se il tribunale riteneva fondati gli indizi o le prove, poteva stilare l'inquisitio (elenco dei capi d'accusa), procedere all'arresto e ai costituti dell'imputato, entrando così nella fase offensiva. Un mezzo di prova talvolta usato era la tortura, che avrebbe dovuto essere decisa dall'inquisitore e dal vescovo. Per la difesa l'imputato poteva servirsi di un avvocato assegnato dal tribunale ed essa consisteva nel dimostrare la buona vita cristiana dell'imputato o nel sostenere l'inattendibilità dei testimoni, per mezzo anche di interrogazioni da fare ad altri testi. Il processo si poteva concludere con una sentenza formale definitiva (dall'assoluzione alla condanna capitale) o con altra decisione conclusiva interlocutoria. La sentenza di riconciliazione prevedeva l'abiura pubblica.
La procedura sommaria
Un modo più semplice e veloce di trattare una causa di fede era quello che iniziava con la presentazione volontaria dell'imputato (spontanea comparitio), prevedeva l'esposizione dei propri errori senza domande di tipo dottrinale da parte del giudice se non per facilitare la confessione, ma con domande solamente sui complici. Non prevedeva una sentenza formale, ma solo l'assoluzione giudiziaria dalla scomunica dopo un'abiura privata e l'assegnazione di penitenze salutari, cioè preghiere o atti di culto. Era anche privo della parte informativa e di quella difensiva. Nata nel medioevo, la procedura sommaria fu largamente usata alla fine del Cinquecento e soprattutto nei secoli seguenti.
Il processo d'appello
Questa terza forma di procedura si svolgeva ad un livello superiore per giudicare nuovamente l'imputato e talvolta per controllare l'operato dei giudici di prima istanza. Escluso all'inizio, l'appello cominciò ad essere accolto negli ultimi secoli del medioevo e divenne normale nell'età moderna, anche se poco utilizzato. Era rivolto dall'imputato al papa, e il papa o la Congregazione ne subdelegavano lo svolgimento ai nunzi o ad altri giudici di fede specialmente deputati. La procedura seguita era quella del processo formale.
Complessi archivistici:
Processi inquisitoriali di Belluno (collezione / raccolta)
Processi inquisitoriali di Feltre (collezione / raccolta)
Sant'Ufficio di Lodi (fondo)
Sant'Ufficio di Malta (fondo)
Tribunale dell'Inquisizione di Firenze (fondo)