L'attività delle due organizzazione era, quindi, basata sul principio del rispetto della reciproca autonomia pur nella condivisione di scopi ed obiettivi. Dallo statuto presentato al XXIV Congresso nazionale, tenuto a Bologna dall'8 all'11 dicembre 1988, si possono ricavare le principali caratteristiche della Fgci alla fine degli anni Ottanta. L'organizzazione, cui potevano aderire giovani e ragazze dai 14 ai 29 anni, era composta da più strutture federate: l'Unione dei circoli territoriali, la Lega studenti medi, la Lega studenti universitari, la Lega per il lavoro, i Centri per l'ambiente, i Centri di iniziativa per la pace, i Centri di iniziativa contro le tossicodipendenze (artt. 3 e 4). Ciascuna di queste strutture aveva un proprio statuto, degli organismi dirigenti, uno specifico programma e organizzava autonomamente il tesseramento; ognuna era, però, tenuta a rispettare lo statuto della Fgci, confrontandosi costantemente con gli organismi dirigenti della Federazione a qualsiasi livello territoriale (art. 5). Era inoltre prevista l'adesione al Movimento delle ragazze comuniste, struttura separata ma interna alla stessa Fgci, provvista anch'essa di propri organismi dirigenti e di una rete organizzativa volta a valorizzare ed estendere il protagonismo e la partecipazione alla politica da parte delle ragazze (art. 7).
L'attività della Fgci era articolata a tre livelli, di base, territoriale e nazionale (art. 12). Strutture di base erano circoli, leghe e centri di iniziativa (art. 13). Il comitato territoriale costituiva, invece, l'organismo, con delimitazione geografica spesso corrispondente alla provincia, comprendente gli iscritti e le strutture di base. Al suo interno si costituiva un consiglio territoriale, organismo federativo eletto al 50% dal congresso e al 50% dalle strutture di base; da questo scaturivano, poi, il segretario territoriale della Fgci e gli organismi esecutivi dell'associazione (art. 14).
A livello nazionale erano, infine, presenti il consiglio federativo nazionale, il comitato direttivo nazionale e l'assemblea dei segretari dei comitati territoriali (art. 15). Massimo organo deliberativo della Fgci restava, comunque, il congresso, nella sua articolazione nazionale e territoriale (art. 17).