Dopo alterne vicende, Castignano nel 1493 fu di nuovo assegnato da papa Alessandro VI ad Ascoli, città sotto la cui giurisdizione rimase fino al 1586, quando fu compreso, per sua libera scelta, all'interno del neo istituito Presidato di Montalto, dalla cui amministrazione dipese fino alla caduta dello Stato pontificio.
La gestione locale del governo era invece demandata a magistrature collegiali, quali il Consiglio generale, composto di 60 membri, maggiori di 25 anni, con potere deliberativo e decisionale in merito alla gestione della cosa pubblica e di nomina degli ufficiali; il Consiglio di credenza, organo più ristretto, con facoltà propositiva; i due Priori di Credenza, estratti bimenstralmente da un apposito bussolo contenente palle di cera con schede riportanti i nomi dei candidati e con compiti, quali la convocazione del Consiglio generale e la ricognizione dei confini comunali; il Podestà, sempre forestiero e mai ascolano, eletto dal Consiglio generale, con competenza nelle cause criminali; il Cancelliere, anch'egli forestiero,incaricato dell'esazione delle imposte e della supervisione circa il rispetto delle norme statutarie da parte dei vari organi di governo; il Camerario o tesoriere comunale; il Notaio dei Danni Dati; il Notaio del Banco, che redigeva in forma pubblica gli atti che gli venivano richiesti e infine i 2 Banditori, in carica per 6 mesi. Tale assetto di governo venne meno solo nel 1797, quando il nuovo governo francese della Marca distaccò Castignano, riconosciuto comune, dal Presidato di Montalto e lo inserì nel II Distretto del Dipartimento del Tronto, nel Cantone 2°, facente capo ad Offida.
Dopo la restaurazione pontificia del 1815, Castignano entrò invece a far parte della Delegazione di Ascoli, Distretto di Montalto, fino al 1860, quando fu annesso al nuovo Regno d'Italia. Con R.D. 2669 del 10.12.1865 fu poi aggregato al comune di Castignano quello soppresso di Ripaberada, già nel 1815 suo appodiato.