Per rimediare a questa situazione si decise di aprire una struttura in grado di assistere, istruire e curare i minori. Ad un Istituto medico-psico-pedagogico si preferì una Scuola speciale medico-psico-pedagogica, che a differenza del primo non era residenziale. Si distingueva anche dalle Classi differenziali - aperte a Livorno nel '59 e poi a Collesalvetti, Rosignano, Cecina e Piombino - in quanto ente parascolastico autonomo.
La Scuola venne aperta il 21 gennaio 1963, nella sede di via degli Asili. Inizialmente funzionò esclusivamente come doposcuola, in attesa dell'autorizzazione ministeriale. Nel mese di febbraio fu stipulata una convenzione con il Provveditorato agli studi e la Scuola fu strutturata in due settori: materna per i bambini dai quattro ai sei anni e elementare statale per quelli dai sei ai dodici.
Le prime ammissioni furono cinquanta. I bambini erano segnalati soprattutto dai servizi di medicina scolastica, dalle scuole e dall'ONMI. I casi erano presi in carico da un'equipe, composta dal direttore sanitario, da quello didattico, dall'insegnante, dal capogruppo e dall'assistente alla psicomotricità. Dei minori si occupava anche il Consultorio d'igiene mentale della Provincia di Livorno (aperto nel 1958), attraverso un neuropsichiatra infantile, uno psicologo e un'assistente sociale, che operavano tra l'altro presso le sedi della Scuola distaccate a Cecina, Piombino e Portoferraio. Era stata inoltre avviata, sull'esempio di altre aperte in Italia a partire da metà anni Cinquanta, una Scuola per genitori.
Nell'anno scolastico 1966-1967 la Scuola arrivò ad accogliere 140 alunni, aprendo una sezione speciale separata per i "mongoloidi e i subnormali" e avviando laboratori protetti.
Nel 1971 la Provincia conferì ad Anna Anglani Buiatti - che l'anno dopo si sarebbe specializzata in neuropsichiatria infantile presso l'Università degli studi di Pisa - l'incarico di direttore sanitario della Scuola. Da questo periodo fu avviata la trasformazione di tale struttura in Servizio territoriale per la salute mentale, reinserendo i bambini nelle scuole di competenza sul territorio. Su iniziativa della Buiatti - aderente a Psichiatria democratica e membro del gruppo regionale della stessa associazione per la deistituzionalizzazione dei minori - nel 1974 fu istituito un Servizio socio-psico-pedagogico nelle scuole elementari e medie della provincia di Livorno, finalizzato al sostegno dei bambini in difficoltà. Nello stesso periodo fu avviata la costituzione del Servizio di neuropsichiatria infantile del Centro di salute mentale di Livorno.
La Scuola speciale fu chiusa nel 1976.