Scampata alle soppressioni decretate dal napoleonico Regno d'Italia tra il 1807 e il 1810, che ridisegnavano la configurazione delle parrocchie veneziane riducendone il numero da più di 70 a 30, con la successiva sistemazione amministrativa e territoriale stabilita in età austriaca, la parrocchia di San Pietro apostolo veniva incardinata nella omonima decania di San Pietro apostolo di Castello (poi vicariato di San Pietro di Castello), avendo alle sue dipendenze la chiesa succursale di San Francesco di Paola e le chiese oratoriali dei Santi Pietro e Paolo e di Santa Maria delle Vignole.
Retrocessa nel 1957, con decreto patriarcale, a chiesa rettoriale aggregata alla parrocchia di San Francesco di Paola, ha riottenuto il titolo di parrocchialità nel settembre del 1981.
Premesso che l'evoluzione di competenze istituzionali delle strutture parrocchiali è tema dalla densissima storiografia e che in antico regime ai compiti prevalentemente pastorali del parroco si affiancavano molteplici ruoli di tipo civile, si segnala che, come per le altre parrocchie dell'organizzazione ecclesiastica, anche in quella di San Pietro apostolo troviamo assegnate al parroco - secondo quanto stabilito dal vigente codice di diritto canonico - il governo della parrocchia, ossia la cura d'anime dei fedeli e l'amministrazione ecclesiastica dei beni parrocchiali, governo esercitato sotto la direzione e la vigilanza dell'ordinario. Al momento del possesso canonico dell'ufficio il parroco consegue di diritto precise funzioni e obblighi: l'annuncio integrale della parola di Dio attraverso le omelie, la catechesi, la liturgia eucaristica e il sacramento della riconciliazione, con particolare riguardo rivolti alla formazione dei fanciulli, dei giovani, dei lontani e degli erranti (can. 528); la conoscenza dei fedeli affidati alle proprie cure, la condivisione dei problemi, l'assistenza agli ammalati, ai moribondi, ai poveri e ai deboli, la formazione spirituale degli sposi e dei genitori, l'attenzione verso associazioni con dichiarate finalità religiose (can. 529); l'amministrazione del battesimo, della cresima in pericolo di morte e dell'estrema unzione, l'assistenza al matrimonio e la benedizione delle nozze, la pubblicazione delle ordinazioni e dei matrimoni, la celebrazione dei funerali e dell'Eucarestia più solenne nelle domeniche e nelle feste di precetto e la benedizione del fonte battesimale (can. 530); l'obbligo alla residenza in parrocchia (can. 533); infine, la redazione e tenuta dei registri parrocchiali e la cura e custodia dell'archivio (can. 535).

Sino alla fusione del capitolo cattedrale di San Pietro apostolo con il capitolo ducale di San Marco e la traslazione della sede capitolare presso la basilica marciana - provvedimenti disposti dalle leggi eversive napoleoniche nel 1807, ratificate e sanate canonicamente con la bolla «Ecclesias quae» del 1821 - la parrocchialità risiedeva, di diritto, presso il detto capitolo cattedrale, di fatto essendo affidata all'arciprete pro tempore, considerato facente funzione di parroco nomine capituli. In tale esercizio l'arciprete era assistito da due sacerdoti con il titolo di curati e da un sacrista, al quale spettava in particolare collaborare con l'arciprete nell'amministrazione del sacramento del battesimo, nella somministrazione dell'eucarestia, nel portare la comunione in forma pubblica agli infermi, il viatico anche in forma privata e nel dare l'estrema unzione ai moribondi; era inoltre di sua competenza la regolare tenuta e custodia dei registri canonici.
Dopo tale data, con la razionalizzazione delle strutture ecclesiastiche seguita alle soppressioni napoleoniche e la riorganizzazione amministrativa e canonica del sistema parrocchiale veneziano elaborata durante l'età della Restaurazione austriaca, anche la parrocchia di San Pietro apostolo venne retta da un parroco cui solo spettavano l'esercizio della cura d';anime e l'amministrazione dei sacramenti.
Dal 1981 la parrocchia è affidata alle cure dei Salesiani.

La parrocchia è oggi afferente al vicariato di Castello, Diocesi di Venezia.